畜牧兽医学报

作者：娄建东, 司敬方, 田佳, 侯丽娥, 周佳敏, 王雅春, 张毅

单位：1.中国农业大学动物科学技术学院，北京 100193；2.宁夏回族自治区畜牧工作站，银川 750105

关键词：奶牛,外祖父,单倍型匹配,SNP芯片密度,窗口长度,阈值

基金：宁夏回族自治区重点研发项目(2023BCF01004);宁夏回族自治区农业育种专项(2019NYYZ05);财政部和农业农村部：国家现代农业产业技术体系(CARS-36)

旨在评估当母亲基因型数据缺失的情况下，不同芯片密度和单倍型窗口长度对外祖父识别准确性的影响，为利用基因组信息准确构建系谱关系提供可靠技术手段。本研究基于6 117头奶牛的基因组芯片数据，分别构建低密度芯片（5K、10K）和中等密度芯片（20K、50K）数据集，并设置5、10、35、75和120五种SNP窗口长度，将全基因组划分为连续的单倍型片段并进行单倍型推断。随后，结合子代个体已知的父本基因型信息，剔除与父源完全一致的单倍型片段以推断母源单倍型序列，并与候选公牛单倍型逐片段比对，计算单倍型匹配率，并选取匹配率最高的个体作为候选外祖父。同时，选取345头谱系信息完整可靠的个体用于方法准确性验证。此外，研究还进一步计算了个体的亲缘系数与近交系数，以揭示亲缘关系与近交对鉴定方法的潜在影响。结果表明，基于单倍型分段匹配的识别方法在绝大多数芯片密度与窗口长度的条件下，均可实现90%以上的鉴定准确率，其中20K×35 SNPs的组合表现最优，准确率高达98%，方法整体表现出较高的准确性与稳定性。然而，不同组合条件下的最优判定阈值和准确性存在明显差异，提示芯片密度与窗口长度对方法性能具有重要影响。进一步分析显示，亲缘关系与近交水平同样显著影响匹配效果与准确性，提示在实际应用中需综合考量群体遗传背景的影响。综上所述，该方法在母系信息缺失及大规模实际生产群体背景下展现出较高的鉴定准确性，可作为外祖父识别的有效手段。此外，结合群体遗传背景合理选择芯片密度与窗口长度是提升鉴定效果的关键。

来源：2026年第2期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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