畜牧兽医学报

作者：陈盼丹, 许小龙, 李慧鑫, 王良锋, 张倩君, 董亚娜, 苏佳涛, 许丹, 王衡, 龚浪, 孙彦阔, 秦锋

单位：1.华南农业大学兽医学院/广东省动物源性人兽共患病预防与控制重点实验室，广州 510642；2.国家猪繁殖与呼吸综合征疫病协作实验室，广州 510642；3.农业部人畜共患病重点实验室，广州 510642；4.岭南现代农业疫苗创制实验室，广州 510642；5.信阳市畜禽重大疫病防控综合技术研发重点实验室/信阳农林学院，信阳 464000

关键词：猪繁殖与呼吸综合征病毒,多谱系混合感染,宏转录组测序技术,基因重组

基金：广东省现代农业产业技术体系创新团队(2024CXTD22);华南农业大学高校学科建设专项(2023B10564003);广东省现代农业产业共性关键技术研发创新团队建设项目（生物安全与防控（动物方向）共性关键技术）(2024CXTD15);广东省普通高校青年创新人才项目(2017KQNCX012)

猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）是对中国养猪业造成重大经济损失的病原之一。目前，PRRSV-2在国内占据主导地位，呈现出多谱系共存的复杂态势，增加了防控难度。本研究旨在评估宏转录组测序技术在PRRSV-2多谱系混合感染鉴别诊断中的应用潜力。通过对四川某猪场采集的1份PRRSV-2阳性血清样品进行宏转录组测序，获得病毒的全基因组序列，并进一步结合遗传进化分析（IQ-TREE）、相似性比对（Megalign）及重组分析（RDP4/SimPlot）深入解析病毒的进化重组特征。结果显示，本研究从单一血清样品中成功鉴定出SC01-2025（15 023 bp）、SC02-2025（14 954 bp）、SC03-2025（15 293 bp）共3株PRRSV-2，它们的进化分群分别属于谱系1.8、谱系3和谱系8.7。其中，SC01-2025为谱系1.8（代表株NADC30）与谱系5（代表株VR2332）的重组株，其全基因组与NADC30株相似性为88.09%，但在NSP3~7、NSP9~12及ORF3区域与VR2332株相似性更高；SC02-2025为三谱系重组株（谱系1.8/3/8.7），该株在NSP2和NSP3区域与NADC30株最相似，在NSP1、NSP7~10与JXA1株最相似，剩下的区域则与QYYZ株最相似；SC03-2025与JXA1-P80疫苗株全基因组相似性达99%，未检测到重组。本研究基于宏转录组测序技术精准识别出1例四川某猪场PRRSV多谱系混合感染，揭示了该猪场疫苗株（JXA1-P80）与野毒株（类NADC30株、类QYYZ株）共存的复杂流行情况，研究结果表明宏转录组测序技术可为PRRSV疫病诊断和监测提供高分辨率技术支撑。

来源：2026年第2期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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