畜牧兽医学报

作者：宋建, 贺巾锋, 郑伟杰, 刘林, 麻柱, 钱长嵩, 周靖航, 韩博, 张琪, 孙东晓

单位：1. 中国农业大学动物科学技术学院, 农业农村部动物遗传育种与繁殖重点实验室, 动物育种国家工程实验室, 畜禽生物育种全国重点实验室, 北京 100193；2. 北京奶牛中心, 北京 100192；3. 石家庄博瑞迪生物技术有限公司, 石家庄 050035；4. 中国农业大学三亚研究院, 三亚 572025

关键词：液相SNP芯片,奶牛,检出率,基因型填充,遗传评估准确性

基金：国家重点研发计划项目(2021YFF1000700)；教育部创新团队发展计划(IRT_15R62)

旨在对自主研发奶牛13K和40K液相基因组SNP芯片的检出率、基因型检测一致性、填充准确性及基因组遗传评估准确性进行验证。本研究对203头验证群体进行13K、40K及已有商业化126K、150K芯片基因型检测并比较分析检出率与基因型一致性。基于中国荷斯坦牛基因组选择参考群体，采用Beagle软件将4款芯片的基因型数据分别填充至50K密度水平并采用GBLUP方法对验证群体的9个性状进行基因组遗传评估，比较其填充准确性及9个性状的基因组遗传评估准确性。结果表明，验证群体的13K和40K芯片检出率分别为97.70%和97.20%，126K和150K芯片检出率分别为99.30%和98.27%，13K和40K芯片与126K和150K芯片的共有位点数分别为11 331、11 125与42 504、40 881，共有位点基因型一致性分别为96.23%、96.50%与97.18%、97.43%；13K芯片填充准确性(MAF>0.01)为95.90%，略低于高密度商业化芯片，但高于国际通用Illumina 7K低密度芯片(填充准确性为94.30%)，40K芯片填充准确性(MAF>0.01)为99.07%，与126K(填充准确性为99.23%)和150K芯片(填充准确性为99.05%)基本一致；13K、40K、126K和150K芯片对验证群体产奶量、乳脂率、乳蛋白率、乳脂量、乳蛋白量、泌乳系统评分、体型总分、体细胞评分、肢蹄评分等9个性状基因组遗传评估准确性分别为0.619 0~0.735 2、0.642 0~0.758 7、0.620 8~0.742 8和0.633 4~0.751 4，无显著差异。研究结果表明，自主研发13K和40K液相芯片性能较好，可以用于荷斯坦奶牛早期遗传评估和优秀牛只选择。

来源：2025年第11期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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