畜牧兽医学报

作者：白锋, 玛尔孜娅·亚森, 阿米妮古丽·阿不来孜, 滕文, 罗春彦, 纳扎开提·艾尼万尔, 张耘韬, 纪新民, 张艳花

单位：1. 新疆畜牧科学院畜牧研究所, 农业农村部畜禽资源(羊)评价利用重点实验室, 新疆绒毛用羊遗传育种与繁殖重点实验室, 乌鲁木齐 830026；2. 新疆农业大学动物科学学院, 乌鲁木齐 830052；3. 托克逊县风城国营牧业有限公司, 吐鲁番 838100

关键词：吐鲁番黑羊,体尺性状,全基因组关联分析,单倍型分析

基金：中央引导地方科技发展专项资金：羊遗传资源评价与利用实验平台建设(ZYYD2023B10)；新疆自治区产业技术体系(XJARS-09-05)；吐鲁番市重点研发专项：吐鲁番黑羊核心群选育体系建立及优质肉产品开发(202316)；新疆牧区地方肉羊选育改良计划(XJMQ-1)

旨在利用全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)挖掘与鉴定吐鲁番黑羊体重和体尺性状的相关候选基因及分子标记，为吐鲁番黑羊的选育提高及资源开发利用提供科学依据。本研究选取129只年龄在1~3岁、饲养环境一致的健康吐鲁番黑羊公羊，测定体重、体高、体斜长、胸围、管围、胸宽、胸深、尾宽、尾长共9项体重体尺性状表型数据；随后使用的一次性采血管(添加EDTA-K2抗凝剂)采集5 mL颈静脉外周血提取DNA。对合格的DNA样本进行简化基因组测序(genotyping-by-sequencing, GBS)，运用samtools、bcftools等软件对原始测序数据进行检测、过滤及功能注释；然后利用GCTA、TreeBeST、GEMMA等软件分别完成群体遗传结构分析、群体分层评估及全基因组关联分析。本研究测序得到160.88 G的Raw data，质控后Clean data为157.87 G，获得460 766个SNPs位点。全基因关联分析在9个性状中共筛选到74个显著SNPs位点(P＜10-5)，进一步注释得到到39个候选基因。单倍型分析发现候选基因的多个显著位点均位于单倍型block区域内。本研究鉴定了与吐鲁番黑羊体重体尺性状显著关联的SNP位点及候选基因，为深入解析这些性状的遗传机制提供了重要依据，同时也为吐鲁番黑羊分子标记辅助育种提供了基础数据。

来源：2025年第9期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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