畜牧兽医学报

作者：刘昕玥, 李丹妮, 宗颖, 时坤, 李健明, 刁乃超, 曾范利, 杜锐

单位：1. 吉林农业大学动物医学院/动物科技学院, 长春 130118；2. 吉林农业大学中药材学院, 长春 130118；3. 梅花鹿药用资源利用关键技术研究室, 长春 130118；4. 吉林省梅花鹿高效养殖和产品开发技术工程研究中心, 长春 130118；5. 教育部动物生产及产品质量安全重点实验室, 长春 130118

关键词：结核分枝杆菌,Rv3435c基因,耻垢分枝杆菌,基因注释,转录组

基金：国家自然科学基金联合基金项目(U23A20237)

前期研究发现，异源表达Rv3435c基因的耻垢分枝杆菌显著抑制巨噬细胞的炎症表达，为了探究Rv3435c基因在该过程行使的功能，使用二代测序分析Rv3435c重组耻垢分枝杆菌感染RAW264.7细胞的转录组差异。结果显示：通过RT-qPCR检测6、12、24、48 h的IL-1β、TNF-α、IL-6 mRNA表达水平，选择表达量最高的12 h作为转录组测序时间点。将测序获得的原始数据进行数据质量分析及比对结果统计，确定数据质量良好，进行样本关系分析，提示Rv3435c显著改变了小鼠巨噬细胞的基因表达情况。将数据过滤比对共得到14 077个差异基因，其中，有278个显著上调表达基因和118个显著下调表达基因。对差异基因进行GO注释，得到的差异基因主要富集在免疫系统过程、对外部刺激的反应、防御响应等方面。对差异基因进行KEGG通路富集分析，主要富集在环境信息处理、细胞过程、人类疾病、有机体系统几方面。通过蛋白互作分析筛选出核心基因10个，分别为IL-6、IL-1β、CCL2、Mmp9、Spp1、Itgam、Cdc20、Ccna2、Kif11、Ccnb2。对差异基因进行荧光定量PCR试验，验证转录组结果可信，根据筛选出的DEGs和RT-qPCR结果，推测SPP1是Rv3435c行使功能的潜在靶点，并通过RT-qPCR、ELISA、Western blot验证结果。本文为结核分枝杆菌Rv3435c基因的功能探索提供了重要的数据支持。

来源：2025年第9期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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