畜牧兽医学报

作者：刘莎, 杨彩春, 张晓雨, 陈琼, 刘雄, 陈洪波, 周焕焕, 史良玉

单位：1. 武汉轻工大学动物科学与营养工程学院，动物遗传繁育与精准养殖实验室，武汉 430023；2. 黄梅县强立畜牧有限公司，黄冈 435500；3. 湖北省家畜种业技术创新中心，武汉 430023

关键词：梅花星猪,群体遗传结构,连续纯合片段,遗传多样性,SNP芯片

基金：湖北省自然科学基金(面上)项目(2023AFB946)；国家自然科学基金(青年)项目(32202651)；湖北省科技计划项目(2023BEB036)

旨在解析梅花星猪群体结构及其遗传多样性，促进该品种遗传资源的有效保护与利用。本研究利用“猪80K功能位点基因芯片”对307头梅花星猪进行SNP分型，基于SNP芯片数据进行群体遗传结构分析和连续纯合片段(runs of homozygosity，ROH)分析。主成分分析(principal component analysis，PCA)和群体祖先成分分析显示，梅花星猪资源群体存在明显的遗传分层，基于 G矩阵的亲缘关系和聚类分析进一步揭示，研究群体可划分为4个家系。其中部分个体亲缘关系较近，家系2的近交程度相对较高，需采取合理的选配措施来防止近交衰退。ROH分析共检测到18 442个ROHs，平均长度为4.65 Mb。此外共鉴定到13个ROH岛，注释到基因164个。进一步对不同家系的ROH岛区域进行比较，并结合文献与组织表达谱进行功能注释，鉴定出了一批与繁殖(RAB23、PRKD1、G2E3等)、生长(RUNX1T1、TMEM8B、NPR2等)、肉质(DECR1、NFKBIA)、胴体(PPP1R9A、PEG10)、适应性(DST、SLC26A7、IRF9)、免疫(SIT1)、饲料效率(SLC2A2、PHKB、GPT2)、疾病(AKAP6)等性状相关的候选基因。本研究在全基因组水平上系统分析了梅花星猪群体的遗传结构及其ROH分布，为深入解析该优良地方猪种群体特征、重要性状演化形成遗传基础以及核心种群的科学保护利用奠定了基础。

来源：2025年第8期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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