畜牧兽医学报

作者：万琼飞, 石闪闪, 郭若楠, 吕航, 胡德宝, 郭益文, 张林林, 丁向彬, 郭宏, 李新

单位：天津农学院动物科学与动物医学学院, 天津市农业动物繁育与健康养殖重点实验室, 天津 300392

关键词：RNA测序,生物信息学分析,牛肌肉组织,lncRNA

基金：国家自然科学基金(31501939)；天津市自然科学基金(16JCZDJC33300)

旨在分析胚胎时期牛肌肉组织中的lncRNA表达谱，进而筛选出可能与肌肉发育相关的lncRNA。本试验使用通过胚胎分割技术获得的遗传背景高度一致的和牛3个时期肌肉组织样品(3月龄胎儿、6月龄胎儿和9月龄出生个体)进行转录组测序，对鉴定到的lncRNA进行差异分析，筛选胚胎肌肉发育过程中的关键lncRNA，并对其功能和靶标基因进行生物信息学分析。测序结果显示，在不同时期差异表达的lncRNAs有9 913条，在不同时期差异表达的mRNA转录本有3 079条，对两者进行聚类分析发现在牛3月龄胎儿肌肉组织中差异表达的mRNA和lncRNA均最多。筛选差异lncRNA上下游10 kb及以内的蛋白编码基因为lncRNA的靶基因，发现lncRNA共有2 064个顺势调控的靶基因，将其与差异mRNA进行韦恩分析共得到448个靶基因，通过对交集靶基因进行GO和KEGG富集分析，最终筛选出与肌肉发育密切相关的99个lncRNAs和27个候选靶标mRNAs，结合测序中两者的表达量数据分别对其进行STEM分析，发现lncRNA和mRNA分别聚类到一个显著的profile，包含12个mRNAs和68个lncRNAs，且两者的表达量均属于先上升再下降的趋势。最后，使用Cytoscape通过顺式调控关系对这一表达趋势的12个mRNAs和68个lncRNAs进行调控网络构建，发现大多数lncRNA可能对SERP1、FXR1和DVL3具有调控功能。通过研究结果发现3月龄可能是牛肌肉发育的关键时期，且筛选出的68个lncRNAs可能通过竞争性吸附对应的miRNA进而影响相应靶基因的表达，从而在牛不同时期骨骼肌生长发育中起调控作用。

来源：2025年第8期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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