畜牧兽医学报

作者：罗睿杰, 王建魁, 曹素英

单位：1. 北京农学院动物科学技术学院, 北京 100096；2. 中国农业大学动物科学技术学院, 北京 100193

关键词：敖汉细毛羊,粗毛返祖性状,lncRNA,mRNA,生物信息学

基金：羊多能干细胞建系及其向配子定向诱导分化研究(2023ZD040750406)；农业生物育种重大项目-优质绒毛羊新品种设计与培育(2023ZD04051)

本研究从长链非编码RNA (long non-coding RNA, lncRNA)切入，旨在探究敖汉细毛羊群体中粗毛返祖(ancestral-like coarse, ALC)个体的转录组特性。本研究采集了3只30日龄ALC羔羊和3只30日龄非返祖(称为MF)细毛羔羊的皮肤样本，进行RNA测序(RNA-seq)，挖掘与细毛羊“返祖”现象存在潜在关联的mRNA和lncRNA，通过生物信息学分析探究lncRNA在细毛羊毛囊发育中的作用，并进行lncRNA与mRNA的联合分析。本研究筛选出1 540个差异表达lncRNA (differentially expressed lncRNA, DE-lncRNA)和513个差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)，富集到Wnt、PPAR、MAPK等多个与毛囊发育相关的信号通路中，均存在显著下调。对差异显著(P < 0.05)的DE-lncRNA进行分析，其中包含被认为与初级毛囊早期发育密切相关的lncRNA，如GTL2等。对DE-lncRNA靶向基因和DEGs进行GO和KEGG富集分析，DE-lncRNA靶基因和DEGs富集到WNT、PPAR、MAPK等多个与毛囊发育相关的信号通路，以及与TGF-β负调控相关的生物学过程。此外，DE-lncRNA和DEGs富集分析都显示，ALC羔羊有多个物质和能量代谢通路上调。DEGs与DE-lncRNA相关性分析筛选出90个可能受DE-lncRNA调控的基因，ADIPOQ、BRCA1、CCAR2、KIF20B、SOAT1等基因涉及与细胞增殖、细胞命运决定、细胞周期调节、物质结合、催化活性等有关的过程。结果显示，ALC羔羊在毛囊相关的lncRNA方面与MF羔羊存在显著差异，ALC羔羊的初级毛囊可能处在全面退化的初始阶段；MAPK和PI3K/AKT信号通路在ALC绵羊幼龄返祖现象比较重要；ALC羔羊代谢相较于MF羔羊更旺盛，GTL2等DE-lncRNA可能与ALC羊较强的适应性存在关联。本研究通过挖掘细毛羊ALC性状相关的lncRNA，为后期深入研究细毛羊毛囊发育机制提供参考线索，对细毛羊抗逆育种有重要参考价值。

来源：2025年第6期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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