畜牧兽医学报

作者：武建亮, 苏洋, 毛瑞涵, 周磊, 闫田田, 李智, 刘剑锋

单位：1. 北京中育种猪有限责任公司, 北京 100194；2. 中国农业大学动物科学技术学院, 北京 100193

关键词：猪,基因组选择,低密度SNP芯片,芯片设计,基因型填充

基金：北京三元种业科技有限公司自立课题(SYZYZ20230004)：特色分子育种小型芯片研发与应用；首农食品集团自立科技项目(SNSPKJ(2021)13)：应用全基因组选择技术选育中育猪配套系2.0

旨在探究低密度SNP芯片在猪育种中的应用效果，尤其是在基因型填充和育种值估计准确性方面的表现。本研究在中高密度SNP芯片“中芯一号”的基础上设计了一款密度为5K的低密度SNP芯片，可用于检测种猪遗传标记分型，并填充至质控后的“中芯一号”的面板上，最终应用于基因组选择。随后本研究使用来自某种猪育种场的3 239头纯种大白猪数据，通过五折交叉验证方法探究该低密度芯片的基因型填充准确性和填充后数据的基因组育种值估计准确性。结果表明，基因型填充的等位基因正确率达到了99.46%，达100 kg校正日龄和达100 kg背膘厚的遗传评估准确性均值分别达到了0.374 2和0.402 1，与原始基因型数据相比，准确性损失仅为0.001 5和0.001 2。结果提示，低密度SNP芯片在降低检测成本的同时，保留了绝大部分原始信息。本研究为畜禽全基因组低密度芯片的设计提供了依据和参考，这种策略大幅降低了基因型检测的成本，促进了我国猪全基因选择的普及。

来源：2025年第6期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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