畜牧兽医学报

北大核心,CA,JST,CSCD,WJCI

国内刊号:11-1985/S

国际刊号:0366-6964

畜牧兽医学报杂志2025年第6期:基于全转录组测序的2个不同品种绵羊卵巢ceRNA网络构建及关键miRNA的筛选

发布日期:

作者:谷博, 王安琪, 于鑫淼, 郭俊彤, 杨一, 邓祎婕, 姜怀志

单位:1. 吉林师范大学生命科学学院, 四平 136000;2. 吉林农业大学动物科学技术学院, 长春 130118

关键词:乌珠穆沁羊,小尾寒羊,卵巢,lncRNA,circRNA,miRNA,ceRNA网络

基金:吉林省科技发展计划(20210101049JC)

旨在解析非编码RNA (non-coding RNA, ncRNA)对绵羊卵巢发育过程的分子调控机制,筛选提高绵羊繁殖力的关键基因。本研究以多胎型(小尾寒羊)和单胎型(乌珠穆沁羊)绵羊为材料,选取健康成年母羊各3只,构建卵巢组织ncRNA及mRNA表达谱,筛选差异表达(differentially expressed, DE) lncRNAs、circRNAs、miRNAs及mRNAs,并对其进行靶基因预测以及功能和信号通路的富集分析,筛选出繁殖相关通路进一步构建ceRNA (lncRNA-miRNA-mRNA和circRNA-miRNA-mRNA)调控网络,最后总结调控网络中的关键miRNA。结果显示,乌珠穆沁羊和小尾寒羊卵巢组织共筛选出差异表达lncRNAs共1 579个,circRNA共561个,miRNAs共175个及mRNAs共3 095个。GO和KEGG富集分析结果显示,差异表达的靶基因显著富集于胚胎的形态发生、减数分裂的激活等生物过程及粘蛋白型O-聚糖生物合成、鞘糖脂生物合成、精氨酸鸟氨酸代谢等信号通路。筛选繁殖相关通路上富集到的差异表达基因,构建1个ceRNA网络(包含87个lncRNA,27个circiRNA,3个miRNA和3个mRNA),获得3个关键miRNAs (miR-140、miR-338及miR-423-5p)及对应的靶向调控ceRNA网络。采用qRT-PCR方法对随机选取的9个差异表达lncRNAs、circRNAs、miRNAs、mRNAs进行验证,结果证实了RNA-seq测序的准确性。本研究对DE ncRNAs与对应靶基因的协调调控机制进行分析,为阐明调控绵羊卵巢发育的关键基因及分子机制提供有效理论依据,进而充分了解绵羊的繁殖生物学特性,对于提高繁殖效率具有重要指导意义。

来源:2025年第6期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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