畜牧兽医学报

作者：姚博元, 杨志文, 孙亚朋, 杨雅楠, 张雅茹, 王欣荣

单位：1. 甘肃农业大学动物科学技术学院, 兰州 730070；2. 环县罗山川乡人民政府, 庆阳 745700；3. 西宁市第二中学, 西宁 810000

关键词：藏猪,长白猪,新转录本,可变剪接,SNP分析

基金：博士科研启动基金项目(GAU-KYQD-2022-17)；国家自然科学基金(31560634)；甘肃农业大学学科团队项目(GAU-XKTD-2022-21)

为完善和优化猪基因组注释信息，本研究利用RNA-Seq测序技术，开展猪心肌组织的新转录本预测、可变剪接事件和SNP变异位点分析。本研究以藏猪(抗逆性强)和长白猪为研究对象，选取6月龄健康去势公猪各3头，采集其心肌组织样本，进行建库与测序。通过数据分析，挖掘新转录本和新基因，进一步分析可变剪接事件和SNP变异，对新基因和差异可变剪接进行富集分析。结果显示，共发现930个新基因，5 993个新转录本，富集分析显示，病毒粒子组装和病毒生命周期等条目，NF-κ B信号通路和Hedgehog信号等通路被显著富集。外显子跳跃(SE)占可变剪接类型的比例最高，筛选了159个显著的差异剪接基因，主要富集在收缩纤维、AMPK通路和昼夜节律等通路中。藏猪的变异位点均大于长白猪，同义突变数量共有311 117个位点；外显子和3'端非翻译区分别有418 136和356 478个变异位点。在极端环境下，藏猪心肌组织可能通过NF-κ B和AMPK信号通路进行免疫调节，参与细胞的代谢及凋亡，改善心肌损伤，抑制高寒低氧应激。

来源：2025年第4期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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