畜牧兽医学报

作者：王浩宇, 马克岩, 李讨讨, 栗登攀, 赵箐, 马友记

单位：甘肃农业大学动物科学技术学院, 兰州 730070

关键词：小骨山羊,种质资源,遗传多样性,群体遗传结构,简化基因组测序

基金：甘肃省2022年农业种质资源普查项目(GSCQ-2022-03)；农业农村部政府购买服务合同项目(19221204)；中央财政农业产业发展资金项目“甘肃省羊遗传资源普查”(CFCAD2023-019)

旨在分析小骨山羊群体的遗传多样性，为明确其是否为新种质资源提供理论依据。本研究以小骨山羊、河西绒山羊和内蒙古绒山羊(阿尔巴斯型)为研究对象，每个群体选取20只成年健康母羊，使用SLAF-seq技术检测全基因组范围内核苷酸多态性(SNPs)。遗传多样性通过使用perl编程计算次要等位基因频率(MAF)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、基因多样性指数(Nei)、多态信息含量(PIC)和香浓维纳指数(SHI)；使用PopLDdecay进行连锁不平衡分析(LD)；使用VCFtools计算群体分化指数(Fst)。通过使用EIGENSOFT进行主成分分析(PCA)、MEGA X构建NJ树和ADMIXTURE进行群体结构分析。通过使用PLINK计算IBS距离、使用GCTA计算亲缘关系并构建矩阵。结果，共检测到5 253 776个SNPs，大部分位于基因间区。小骨山羊除Ho(0.197)外，其余遗传多样性指标最高。小骨山羊平均MAF、He、Nei、PIC、SHI分别为0.216、0.302、0.312、0.247、0.466。LD分析表明，小骨山羊r2最高，衰减速度最慢。Fst分析显示，小骨山羊与河西绒山羊分化水平低(0.043)，与内蒙古绒山羊(阿尔巴斯型)分化水平中等(0.052)。PCA分析显示，小骨山羊与河西绒山羊、内蒙古绒山羊(阿尔巴斯型)较为聚集，从PC1＞0可以将部分小骨山羊与其它群体区分。NJ树结果表明，大部分小骨山羊汇聚为独立的一支，其余存在混群现象。群体结构分析显示，K=1为最佳分群数，小骨山羊有独特的遗传结构。IBS距离矩阵和亲缘关系G矩阵显示出相同的结果，3个群体之间亲缘关系较远，小骨山羊群体内亲缘关系较近。上述结果提示，小骨山羊与河西绒山羊分化程度低，与内蒙古绒山羊(阿尔巴斯型)呈中等分化。小骨山羊的遗传多样性相对其它两个群体较高，但是存在选择压力和群体规模小的问题。小骨山羊群体部分个体间亲缘关系较近，存在近交现象。本研究为小骨山羊的合理开发利用提供理论依据。

来源：2025年第3期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

查看畜牧兽医学报杂志2025年第3期