畜牧兽医学报

作者：陈琼, 毛帅翔, 吴龙飞, 杨闯, 孙宝丽

单位：华南农业大学动物科学学院, 广州 510642

关键词：雷琼牛,陆丰牛,半腱肌,lncRNA,RNA-Seq,肉质

基金：广东省重点领域研发计划(2022B0202110002)

旨在了解长链非编码RNA(lncRNA)调控骨骼肌发育和脂肪沉积的遗传基础，以陆丰牛和雷琼牛的半腱肌作为样本进行转录组分析，挖掘影响骨骼肌发育和脂肪沉积的关键lncRNA。本研究选用年龄为4个月龄，饲养状况相同的雌性雷琼牛和陆丰牛各4头，提取半腱肌的RNA后进行转录组测序，以Q＜0.05为阈值筛选出差异基因，并进行GO和KEGG富集分析、lncRNA-miRNA-mRNA调控网络以及顺式靶向调控网络的构建。最后通过RT-qPCR检验差异基因的表达水平，验证测序结果的可靠性。结果显示，以雷琼牛作为对照组，差异表达的lncRNA有146个，其中71个下调，75个上调，差异表达的mRNA有355个，其中180个下调，175个上调，差异表达的miRNA有34个，其中29个下调，5个上调。对lncRNA进行GO富集分析，结果显示其主要富集在了钙激活的钾通道活性、肌动球蛋白收缩环、蛋白激酶A调节亚基结合、肌球蛋白Ⅱ复合物等，KEGG富集分析结果显示，其主要富集在cGMP-PKG信号通路、RNA转运、Gap连接、胰岛素分泌等通路。根据lncRNA和mRNA的位置关系进行顺式靶向调控作用的预测，筛选到了8个mRNA被7个lncRNA靶向调控，其中DKL1与肌肉发育相关。然后通过构建ceRNA调控网络，筛选出影响肌肉发育以及脂肪沉积的竞争性调控子网络，其中筛选到与肌肉发育相关的基因有ELN和FBOX32，与脂肪沉积相关的基因有SLC27A6和FABP5。RT-qPCR结果显示, 9个差异表达基因的表达水平和转录组测序的表达趋势一致，说明测序结果可靠。本研究发现，雷琼牛和陆丰牛半腱肌中差异表达的lncRNA、mRNA和miRNA，并发现了一些差异lncRNA、mRNA和miRNA可能存在的调控关系，对于揭示肌肉发育以及肌内脂肪沉积的分子调控机制具有重要意义，也为提高华南黄牛的肉用性能提供理论基础。

来源：2025年第3期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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