畜牧兽医学报

作者：戴超辉, 崔乐康, 李辉, 赵为民, 付言峰, 李碧侠, 王学敏, 廖超, 陈彦羽, 包文斌, 程金花

单位：1. 江苏省农业科学院畜牧研究所/农业农村部种养结合重点实验室/江苏省农业种质资源保护与利用平台，南京 210014；2. 扬州大学动物科学与技术学院，扬州 225009；3. 南京瑞源生物技术有限公司，南京 210033

关键词：猪,ROH,CLR,iHS,选择信号

基金：江苏省种业振兴揭榜挂帅项目(JBGS[2021]099);江苏省青年基金项目(BK20230753);国家生猪产业技术体系(CARS-PIG-35)

旨在明确苏山猪群体和巴克夏猪群体的遗传变异位点和多态信息，本研究首先对43个苏山猪样本和21个巴克夏猪样本进行DNA提取，然后利用“中芯一号”50K SNP芯片对DNA的SNP位点进行检测；使用Plink软件对SNP位点进行主成分分析；使用DetectRUNS软件包对样本进行全基因组ROH检测；选用3种方法(ROH、CLR和iHS)对选择信号进行分析。本研究总共鉴定到苏山猪42 282个SNPs位点和巴克夏猪27 718个SNPs位点。其中，苏山猪和巴克夏猪均被划分为3个家系。本研究在苏山猪中共检测到2 071个ROH片段，FROH平均值为0.096。巴克夏猪中共检测到1 853个ROH片段，FROH平均值为0.199。在苏山猪和巴克夏猪群体中分别检测到4个和40个高频ROH区域，分别注释到8个和103个基因，通过富集分析鉴定了50个显著的候选基因。另外，通过ROH、CLR和iHS共3种选择信号分析方法，对苏山猪和巴克夏猪的选择信号区域进行了鉴定，发现有42个基因可能受到选择。本研究初步揭示了苏山猪和巴克夏猪的基因组SNP图谱，并通过高频ROH分析和选择信号检测鉴定到一些可能影响猪的生长发育、肉质、营养和一般抗病力的基因，为苏山猪和巴克夏猪的选育利用提供了理论基础。

来源：2024年第12期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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