畜牧兽医学报

作者：徐扩卫, 李卓辉, 冷堂健, 熊宝, 周杰珑, 郭盘江, 王禹, 陈粉粉

单位：1. 西南林业大学生物与食品工程学院, 昆明 650224；2. 西北农林科技大学动物科技学院, 杨凌 712100；3. 宁蒗彝族自治县拉伯乡宁蒗高原鸡原种保种场, 宁蒗 674309

关键词：全基因组,宁蒗高原鸡,群体遗传多样性,群体遗传结构

基金：云南省农业基础研究联合专项面上项目(202101BD070001-070)

旨在分析宁蒗高原鸡保种群的群体遗传多样性和群体遗传结构，以期更好的保护和利用宁蒗高原鸡这一种质资源。本研究利用全基因组重测序技术检测宁蒗高原鸡(n=57)、大围山微型鸡(n=20)、尼西鸡(n=11)和独龙鸡(n=10)群体的单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphism, SNP)，以群体观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态性标记比例(PN)、核苷酸多态性(Pi)、次等位基因频率(Maf)以及连锁不平衡(linkage disequilibrium, LD)衰减情况分析群体遗传多样性；使用主成分分析、系统发育树、群体结构分析探究不同品种的群体遗传结构；以群体分化指数(Fst)评估品种间的分化程度，以状态同源(identity by state, IBS)、G矩阵和群体近交系数(FROH)分析宁蒗高原鸡保种群体的亲缘关系。结果显示，宁蒗高原鸡群体的观测杂合度(Ho)为0.212，小于其0.221的期望杂合度(He)，而大围山微型鸡、独龙鸡和尼西鸡的Ho均高于He，表明宁蒗高原鸡群体遗传多样性较为丰富；LD衰减分析表明，4个品种的衰减速度由快到慢依次为宁蒗高原鸡、大围山微型鸡、尼西鸡、独龙鸡，说明宁蒗高原鸡群体遗传多样性最高，基因组受选择程度最低；主成分分析和系统发育树结果表明，宁蒗高原鸡分为3个支系，大围山微型鸡与宁蒗高原鸡、独龙鸡和尼西鸡之间的遗传背景差异较大；群体结构分析显示，当K=2时为最优分群数，宁蒗高原鸡血统较为复杂，独龙鸡和尼西鸡血统较为相似；群体遗传分化结果发现，宁蒗高原鸡与大围山微型鸡、尼西鸡、独龙鸡之间均出现中等程度的分化，而独龙鸡和尼西鸡之间的遗传分化指数较小；IBS矩阵和G矩阵分析发现，宁蒗高原鸡保种群体间大部分个体亲缘关系较远，少数个体亲缘关系较近。以上结果表明，宁蒗高原鸡与大围山微型鸡、尼西鸡、独龙鸡之间均存在中等程度的分化，宁蒗高原鸡保种群体的遗传多样性较为丰富，但保种群体间存在一定的近交趋势，应建立有效的育种方案，加强保种，避免近交衰退。

来源：2024年第12期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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