畜牧兽医学报

作者：刘思宇, 张曼, 张岩, 魏稚彤, 祁兴磊, 高腾云, 刘贤, 梁栋, 付彤

单位：1. 河南农业大学动物科技学院，郑州 450046；2. 泌阳县畜牧技术服务中心，泌阳 463700；3. 河南省畜牧总站，郑州 450008

关键词：南阳牛,全基因组重测序,遗传多样性,群体结构,保种

基金：国家自然科学基金青年项目(32202636);河南省重大科技专项“地方畜禽精准快育种体系构建与新品种选育”(221100110200);河南省肉牛产业技术体系(HARS-22-13-T)

旨在通过遗传多样性和群体结构分析，评估南阳牛的保种效果。本研究基于30头健康南阳牛的全基因组重测序数据，通过变异检测获得单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)信息，综合分析群体遗传多样性、群体结构、亲缘关系以及连续纯和片段(ROH)分布特征，对南阳牛保种群的保种效果进行全面评估。结果显示：1)共检测到高质量SNPs位点数目是25 929 389个；2)保种群遗传多样性丰富，核苷酸多样性为0.002 9，多态性标记比例为0.888 7，最小等位基因频率为0.186 1，期望杂合度为0.274 9，观测杂合度为0.255 7；3)世代有效群体含量在1 000代前为2 834头，在20代前为149头，呈逐年下降趋势；4)主成分分析结果显示南阳牛保种群没有明显分层；5)个体间的遗传距离介于0.80~0.89，平均遗传距离为0.83±0.02；6)30头南阳牛个体共分为7个家系，公牛可分为5个家系；7)共检测到ROH片段数目是4 992个，平均每头南阳牛的ROH片段长度为约74.41 Mb，总长度为2.18 Gb，基于ROH的平均近交系数为0.031，0.5 Mb以下的ROH片段占比最多为75.72%，2~4 Mb的ROH片段占比最少为0.16%。综上所述，南阳牛保种群体遗传多样性丰富，没有出现明显分层，近交水平较低，但仍有个别个体近交较高。因此，未来的保种工作应加强选种和选配管理，以促进群体的可持续发展。

来源：2024年第9期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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