畜牧兽医学报

作者：黄红艳, 张力允, 黄智荣, 伍仲平, 张续勐, 欧阳宏佳, 陈俊鹏, 林桢平, 田允波, 李秀金, 黄运茂

单位：1. 仲恺农业工程学院动物科技学院/广东省水禽健康养殖科技创新平台，广州 510225；2. 广东省汕头市白沙禽畜原种研究所，汕头 515821

关键词：狮头鹅,群体多样性,体重体尺性状,全基因组关联分析

基金：广东省地方特色物种狮头鹅育种联合攻关项目(2023-XDY-00-001);广东省现代农业水禽产业技术体系创新团队(2022KJ137)

旨在探究狮头鹅群体遗传多样性和体重体尺性状全基因关联分析。本试验随机选取2年龄休产状态的狮头鹅111只(公鹅20、母鹅91只)，进行体重和体尺指标表型测定和二代基因组测序(5×)，对测序数据进行SNPs位点检测，计算狮头鹅群体遗传多样性指标，利用单标记回归混合模型开展SNPs与体重体尺性状的关联分析。本试验采用Bonferroni法校正，即全基因组水平阈值(0.05/总SNPs)和染色体水平阈值(0.05/染色体SNP数目)，确定显著性SNPs位点，并对染色体水平显著性SNPs位点上、下游50 kb进行基因注释。经过质控，共计获得7 577 552个有效SNPs用于进一步分析。群体多样性分析显示，历史有效群体含量、最小等位基因频率、多态信息含量、观察杂合度、期望杂合度和近交系数分别为234、0.25、0.34、0.26、0.34和0.22。共检测出6 164个连续纯合片段，长度在1.0~2.0 Mb的纯合片段占比最多(74.4%)。体重体尺性状的全基因组关联分析发现38个染色体水平显著性SNPs，涉及90个基因。其中影响生长发育相关的基因有7个，即D2HDH、THAP4、ESPNL、EPT1、TNPO3、MCF2L、AIP1。本研究利用二代基因组测序数据发现，狮头鹅群体存在一定程度近交现象，挖掘出与狮头鹅体重和体尺性状相关的7个候选基因，可为后续狮头鹅群体保种、功能基因研究和分子育种开展提供重要参考。

来源：2024年第9期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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