畜牧兽医学报

作者：张涛, 李佳芪, 胥磊, 王丹, 张梦华, 张涛, 闫梦婕, 王玮韬, 范守民, 黄锡霞

单位：1. 新疆农业大学动物科学学院，乌鲁木齐 830052；2. 伊犁哈萨克自治州畜牧总站，伊宁 835099

关键词：结构变异,全基因组重测序,群体结构分析,新疆褐牛

基金：国家重点研发计划项目(2021YFD1200903-8);国家现代农业产业技术体系(CARS-36)

旨在鉴定新疆褐牛基因组结构变异(structure variation，SVs)特征，并在此基础上探索新疆褐牛培育过程中受到影响的结构变异。本研究基于全基因组重测序数据，利用Manta、Delly、Lumpy三款软件对新疆褐牛及其父母本(瑞士褐牛、哈萨克牛)以及中国西门塔尔牛基因组结构变异进行检测，之后利用主成分分析、构建系统发育树和遗传分化指数(FST)将新疆褐牛基因组与其余3个品种进行比较分析。结果显示，4个牛品种共检测出54 969个SVs，缺失型变异占比最高(56.59%)，插入型变异占比最少(0.03%)。从数量上看，这些SVs在染色体上的分布呈现出随染色体号变大而逐渐减少的趋势。不同品种间存在共有变异和品种特有变异，其中地方品种哈萨克牛拥有的特有SVs数量最多。主成分分析和系统发育树结果发现，新疆褐牛同哈萨克牛和瑞士褐牛具有较近的亲缘关系。经选择信号分析、基因注释和富集分析，挖掘出了一批与产奶性状(PI4K2A、ELOVL3、ECHS1、SCD、TCF7L2、PNLIPRP2、BTRC、PLCE1)、生长发育(BMP6、TLL2、MAPK9、ROR2)、适应性(PRKCB)以及免疫(GSTO2、GSTO1)相关的关键基因。本研究从结构变异上解析新疆褐牛的特征，并揭示一些新疆褐牛培育过程中高度分化的基因，为推动新疆褐牛的遗传改良提供了基础资料。

来源：2024年第8期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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