畜牧兽医学报

作者：娜梅拉, 李科南, 杜海东, 郭文亮, 娜仁花

单位：内蒙古农业大学动物科学学院, 呼和浩特 010018

关键词：高通量测序技术,内蒙古白绒山羊,不同日龄,瘤胃,粪便,真菌多样性

基金：内蒙古自治区自然科学基金项目(2021MS03009)

本试验旨在采用高通量测序技术，测定内蒙古白绒山羊不同日龄时瘤胃及粪便真菌多样性的定植规律，为后续绒山羊早期营养调控相关研究提供数据依据。选取按照场区正常生产管理并饲养的10、30、50、150日龄体重分别为(4.99±0.13)、(7.71±0.52)、(13.83±0.18)、(20.60±0.81)kg的内蒙古白绒山羊母羔各3只(每只为1个重复，共12只)，进行屠宰、取瘤胃液(R组)及粪便(F组)。采用特异性引物对ITS1F/ITS2R扩增瘤胃和粪便真菌ITS区，用Illumina Miseq PE300平台进行测序。结果表明：1)本试验24个样共获得1 636 055条优化序列(Clean tags)，平均每个样含有(68 168±24 317)条，每条序列平均长度为(244±28)bp。2)随日龄的增加，瘤胃和粪便真菌总OTUs以及与后一个日龄共享的OTUs开始时稍有降低，但随后逐渐增加。10、30、50、150日龄时瘤胃和粪便共享的真菌OTUs分别占同日龄检测到的瘤胃和粪便OTU总数的34.22%、20.87%、27.63%和20.53%。3)随日龄的增加，瘤胃真菌群落Shannon、Simpson、Ace、Chao指数差异不显著(P>0.05)，而50、150日龄时粪便中真菌Shannon和Simpson指数分别显著高于和低于10日龄组(P < 0.05)。50日龄时瘤胃中真菌Shannon和Simpson指数分别显著高于和低于粪便组(P < 0.05)。4)50日龄和150日龄瘤胃真菌菌群β多样性极显著聚为一类(P < 0.01)，并与10日龄和30日龄瘤胃真菌菌群β多样性极显著分开(P < 0.01)。50日龄和150日龄粪便真菌群落β多样性分别极显著独立分布且与10日龄和30日龄粪便真菌群落β多样性分开(P < 0.01)。另外，150日龄瘤胃及粪便组内真菌群落β多样性相似度大于其他日龄组。5)当日龄为10、30、50、150 d时，在门水平上瘤胃及粪便真菌组成相似，均为子囊菌门(Ascomycota)、未分类的真菌(Unclassified_k_fungi)、新美鞭菌门(Neocallimastigomycota)、担子菌门(Basidiomycota)和被孢霉门(Mortierellomycota)，其中子囊菌门占绝对优势。而在属水平上瘤胃及粪便真菌组成稍有差异。瘤胃中丰度最高的物种在10、50日龄时均为未分类的真菌，在30、150日龄时分别为荚孢腔菌属(Sporormiella)和酵母菌属(Saccharomyces)。粪便中丰度最高的物种10、50日龄时分别为未分类的真菌和新美鞭菌属(Neocallimastix)，30、150日龄时分别为Cleistothelebolus和枝孢菌层(Cladosporium)。6)在门水平上的进一步LefSe分析发现，新美鞭菌门无论是在150日龄内蒙古白绒山羊瘤胃中还是在50日龄内蒙古白绒山羊粪便中均是显著富集的物种(P < 0.05)；比较同日龄瘤胃和粪便真菌群落时，只有在150日龄瘤胃和粪便中分别显著富集了未分类的真菌和子囊菌门。7)基于FUNGuild功能预测，瘤胃真菌在羔羊10、50日龄时分别以未分类营养型(Unclassified)和病理营养型(Pathotroph)为主，30、150日龄时均以腐生营养型(Saprotroph)为主。粪便真菌在10、150日龄时均以病理-腐生-共生营养型(Pathotroph-Saprotroph-Symbiotroph)为主，30、50日龄时均以腐生营养型为主。由此可见，随着内蒙古白绒山羊羔羊的发育，瘤胃真菌群落逐渐有利于饲料中纤维的降解。幼龄时期瘤胃和粪便中还存在很多丰度较高且未分类的物种，其功能还未明确，因此还需要更深一步的研究。

来源：2024年第8期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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