畜牧兽医学报

作者：周扬, 吴炜姿, 曹伟胜, 王福广, 许秀琼, 钟文霞, 吴立炀, 叶健, 卢受昇

单位：1. 广东省动物疫病预防控制中心, 广州 510230;2. 华南农业大学兽医学院, 广州 510642

关键词：Nanopore测序,非洲猪瘟病毒,生物信息学分析

非洲猪瘟(ASF)是由非洲猪瘟病毒(ASFV)引起的一种高度传染性和致死性疫病，近年来给我国生猪产业的健康发展造成了沉重打击。ASFV庞大的基因组导致人们难以及时掌握流行毒株的全基因组序列。本研究旨在利用Nanopore三代测序技术建立一种简便可靠的ASFV全基因组测序方法。设计覆盖ASFV全基因组的31对引物并分为4个引物池对样本进行扩增，通过Nanopore测序技术对扩增产物进行测序，进一步优化相关生物信息学分析方法，最终成功建立了ASFV 全基因组测序方法。应用该方法成功从某环境拭子样本中获取一株全长为189 416 bp的ASFV全基因组测序。经一代测序验证表明，在B646L、EP402R、E183L、MGF_360-12L、MGF_505-3R和I177L等关键基因及部分变异位点上，本方法结果与一代测序结果一致性100%；在全基因组水平上，本方法结果与二代测序结果一致性为99.94%。此外，在这项研究中，采用Nanopore测序技术发现了NP1450L基因与NP419L基因间区存在56 bp的重复序列插入(通过一代测序技术进行了验证)，但是二代测序未能发现这一显著的变异特征。本研究成功建立了基于Nanopore技术的ASFV全基因组测序方法，该方法具有良好的简便性和可靠性，为当前ASF的防控和分子流行病学研究提供了一个重要手段。

来源：2024年第5期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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