畜牧兽医学报

作者：刘阳光, 章会斌, 文浩宇, 谢帆, 赵世明, 丁月云, 郑先瑞, 殷宗俊, 张晓东

单位：安徽农业大学动物科技学院, 合肥 230036

关键词：猪,卵泡液外泌体,卵巢颗粒细胞,SNP,RNA-seq

基金：国家自然科学基金(31972531);安徽省高校协同创新项目(GXXT-2021-055);国家重点研发计划(2021YFD1301200);安徽省科技重大专项(202103a06020013)

旨在分析卵泡液外泌体对卵巢颗粒细胞基因的影响,了解卵泡液外泌体在卵泡发育过程中的调控机理,为母猪繁殖研究提供理论依据。本研究选取6月龄、健康状态良好且体重相近的二元母猪为材料,屠宰后收集卵巢150枚,利用梯度离心法获取卵泡液外泌体与猪卵巢颗粒细胞(porcine ovarian granulosa cells,POGCs),并在体外将卵泡液外泌体与猪卵巢颗粒细胞共培养。通过RNA-seq技术对猪卵巢颗粒细胞(granulosa cell samples,GC,n=3)和与外泌体共培养的猪卵巢颗粒细胞(granulosa-exosome co-culture samples,GCE,n=3)进行测序。结果显示,在GC和GCE组中平均每个样品获得5.54×107 条clean reads,Q20和Q30质量得分均在92%以上。在GC和GCE组的6个样品中共获得1 310 979个SNPs突变和104 498个InDel突变,其中纯合型SNP/Indel突变数量为170 426个,杂合型SNP/Indel突变数量为1 245 052个,突变杂合子数目明显高于纯合子且SNP的发生率较高。另外,在突变类型中,转换类型共计973 003个,颠换类型339 974个,转换的类型显著高于颠换类型。经基因注释,突变主要发生在基因3'UTR、5'UTR、内含子区域,其次为外显子和基因间隔区。另外,通过与差异基因对比后,够筛选出1 583个候选基因,经GO和KEGG功能富集发现,候选基因主要与细胞周期以及细胞增殖/凋亡过程相关。此外,共发现14个与细胞周期、增殖/凋亡通路相关的关键候选基因,其中11个基因存在互作关系。本研究获得的这些SNP/Indel信息可为后续研究外泌体在母猪生殖上的调控奠定科学基础。

来源：2024年第2期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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