畜牧兽医学报

作者：栗登攀, 马克岩, 韩金涛, 白雅琴, 李讨讨, 马友记

单位：1. 甘肃农业大学动物科学技术学院, 兰州 730070;2. 永登县动物疫病预防控制中心, 兰州 730300;3. 甘肃省畜牧技术推广总站, 兰州 730030

关键词：永登七山羊,简化基因组测序,基因流,选择性清除分析,功能富集

基金：农业农村部购买合同项目(19221204);甘肃省2022年农业种质资源普查项目(GSCQ-2022-03)

旨在检测永登七山羊群体基因组选择信号,挖掘永登七山羊有价值的种质特性基因。本研究以4个绵羊群体(永登七山羊、岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊)共40个个体为研究对象,利用简化基因组测序(specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)技术检测全基因组范围内的单核苷酸多态性位点(SNPs)。基于SNPs数据集,通过elgensoft软件进行主成分分析;运用Treemix软件分析基因流事件;利用群体遗传分化指数(Fst)和核苷酸多样性比值(π ratio)进行全基因组选择性清除分析,取top 5% Fst和π ratio的交集以确定基因组受选择区域,并对候选基因进行GO和KEGG富集分析。结果共得到1 658 596个群体SNPs;主成分分析(PCA)发现永登七山羊能够独立分群,基因流表明永登七山羊和兰州大尾羊存在较弱的基因交流。以永登七山羊为试验群体,岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊为参考群体进行选择清除分析,3个比较组的受选择区域分别检测出424、294、301个候选基因;GO和KEGG分析结果表明,候选基因分别显著富集在65、79、41个GO条目及15、22、10条KEGG通路上(P＜0.05)。此外,将岷县黑裘皮羊、兰州大尾羊和滩羊3个群体的数据合并为一个数据集与永登七山羊进行比较,共筛选到466个候选基因,显著富集到124个GO条目及7条KEGG通路(P＜0.05)。从中筛选到永登七山羊重要经济性状相关的功能基因BMP2、GRM1和ALDH1A1。研究结果表明,在永登七山羊全基因组范围内进行选择信号检测,鉴定到与生长发育、脂尾进化相关的候选基因,为永登七山羊的分子遗传标记挖掘提供参考。

来源：2023年第11期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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