畜牧兽医学报

作者：林燕, 黄敏, 李秀金, 张续勐, 黄运茂, 田允波, 伍仲平

单位：1. 仲恺农业工程学院动物科技学院, 广州 510225;2. 浙江农林大学动物科技学院·动物医学院, 杭州 311300

关键词：鸭,全基因组重测序数据,基因组,拷贝数变异,CNVs

基金：广东省乡村振兴战略专项资金种业振兴项目(2022-XBZ-00-001)

旨在鉴别与鸭重要经济性状潜在相关的拷贝数变异(copy number variations, CNVs),为解析CNVs对鸭经济性状的影响提供前期研究基础。本研究利用从美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)公共数据库中下载的8个鸭品种共78个个体的全基因组重测序数据,采用CNVnator和CNVcaller软件进行全基因组CNVs检测,同时只保留两个软件检测结果中存在至少1 bp重叠的同类型CNVRs,以消除假阳性对试验结果的影响。结果显示,8个鸭品种的CNVs合并后共检测出7 550个CNV regions (CNVRs),其中包括7 098个duplications和452个deletions。这些CNVRs在鸭29条常染色体上呈不均匀分布,总长度为16 111.2 kb,平均长度为2 134 bp,约占鸭基因组的1.51%。此外,本研究在8个鸭品种共筛选到4 304个潜在的品种特异性CNVRs,覆盖1 230个注释基因。通过基因功能Gene Ontology(GO)富集分析,鉴别到38个可能与生长和繁殖相关的CNVRs。本研究共发现7 550个CNVRs,筛选出4 304个潜在的品种特异性CNVRs,并鉴别到38个与鸭生长和繁殖潜在相关的CNVRs,为深入探究CNVs对鸭重要经济性状的影响提供了必要的研究基础。

来源：2023年第9期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

查看畜牧兽医学报杂志2023年第9期