畜牧兽医学报

作者：白露, 王梦杰, 马小春, 何政肖, 谭晓冬, 刘杰, 赵桂苹, 文杰, 刘冉冉

单位：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 畜禽营养与饲养全国重点实验室 农业农村部动物遗传育种与繁殖(家禽)重点实验室, 北京 100193

关键词：鸡,主成分分析,群体分化指数分析,连锁不平衡,特征性SNP标记集合

基金：国家重点研发计划项目（2022YFD1301600）；国家肉鸡产业技术体系（CARS-41）；核心种源攻关项目（JBGS〔2021〕107）

旨在建立一种快速挖掘鸡品种/品系特征性SNP标记集合的方法，实现通过少量SNP标记将目标品种/品系与其他品种/品系区分的目标。本研究以北京油鸡、京星黄鸡、7个山东地方鸡种、5个云南地方品种、藏鸡和白羽肉鸡专门化品系等19个品种/品系全基因组重测序数据为素材，通过群体分化指数分析后，提取MEAN_FAST≥0.65的SNP标记，进一步通过连锁不平衡分析提取独立SNP来缩减特征性SNP标记集合。随机选择6个品种/品系对该方法进行检验，结果表明，通过一次群体分化指数和连锁不平衡分析后进行位点筛选后，即可分别获得白羽肉鸡品系、京星黄鸡H系和京星黄鸡D2系的114、220和226个特征性SNPs位点，将目标品系与其它共18个代表性品种分开。对于在主成分和聚类分析中聚集在同一个分支的武定鸡和瓢鸡，通过该方法可分别获得204和178个特征性SNPs标记，将之与其它代表性品种分开。综上，通过本方法，可得到目标品种114~226个SNPs标记构成的集合，进一步利用主成分分析即可将目标品种/品系与其它代表性品种进行区分。该方法流程简便，获得的特征性SNP标记相对较少，有利于控制检测成本，可应用于地方品种或商业化品系的"分子身份证"构建，辅助种质资源保护和鉴定工作。

来源：2023年第8期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

查看畜牧兽医学报杂志2023年第8期