畜牧兽医学报

作者：杨晴, 巩静, 赵雪艳, 朱晓东, 耿立英, 张传生, 王继英

单位：1. 河北科技师范学院动物科技学院, 秦皇岛 066600;2. 山东省农业科学院畜牧兽医研究所 山东省畜禽疫病防治与繁育重点实验室, 济南 250100;3. 农业农村部畜禽生物组学重点实验室, 济南 250100;4. 枣庄黑盖猪养殖有限公司, 枣庄 277100

关键词：SNP芯片,重测序,遗传多样性,系统进化树,基因组近交系数

基金：山东省农业良种工程项目（2020LZGC012；2022LZGCQY007）；山东省生猪产业技术体系（SDAIT-08-03）；枣庄市自主创新及成果转化项目（2022GH-27）；国家生猪产业技术体系（CARS-35）

旨在比较芯片与测序SNP分型技术、标记密度对遗传多样性、系统发生树和近交系数等分析结果的影响，探讨遗传结构分析中低成本、高效的分型方法和适宜的SNP密度。本研究以35头枣庄黑盖猪的CAUPorcineSNP50芯片数据和重测序数据为基础，以重测序数据为"原材料"构建了随机34K、均匀34K、均匀340K和均匀3 400K 4个SNP面板，利用CAUPorcineSNP50芯片和各SNP面板的SNP标记分析了枣庄黑盖猪的遗传多样性、系统发生树和基因组近交系数。结果表明：1）利用芯片SNP标记分析的观察杂合度（observed heterozygosity，HO）（0.385 9 vs.0.320 0~0.324 1）、期望杂合度（expected heterozygosity，HE）（0.381 3 vs. 0.333 5~0.334 6）、遗传距离（0.305 7 vs. 0.279 8~0.280 6）等遗传多样性指标值均高于各测序SNP面板，利用芯片SNP标记构建的系统发生树与各测序SNP面板存在较大不同，这可能是由于芯片设计中倾向于选择高MAF的SNP位点等原因所导致。2）各测序SNP面板对HO（0.320 0~0.324 1）、HE（0.333 5~0.334 6）、遗传距离（0.279 8~0.280 6）和系统发生树分析影响较小，但对纯合性片段（runs of homozygosity，ROH）的数目（784~106 547）和长度（0.20~13.51 Mb）及基因组近交系数FROH（0.127~0.263）影响很大。目前畜禽基因组近交系数分析采用的50 K左右基因组SNP芯片有利于检测大片段ROH，对中小片段的ROH检测力差，故估计的基因组近交系数可能比实际值偏低。综上所述，不同SNP分型技术对遗传多样性、系统发生树和ROH的分析结果影响较大。测序组中，不同SNP密度对遗传多样性、系统发生树分析结果影响较小，但对ROH以及FROH分析结果影响很大。

来源：2023年第7期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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