畜牧兽医学报

作者：王静琳, 刘阳光, 徐启隆, 陈朔, 邓在双, 程诗雨, 丁月云, 郑先瑞, 殷宗俊, 张晓东

单位：安徽农业大学动物科技学院, 合肥 230036

关键词：皖岳黑猪,全基因组重测序,基因组遗传变异,特征SNPs,遗传结构

基金：国家自然科学基金（31972531）；安徽省高校协同创新项目（GXXT-2021-055）；安徽省地方猪新品种（系）培育及创新利用联合攻关项目（340000211260001000431）；国家重点研发计划（2021YFD1301200）；安徽省科技重大专项（202103a06020013）

旨在揭示皖岳黑猪全基因组遗传变异情况，筛选皖岳黑猪特征分子标记SNP位点。本研究随机选取体重达110 kg的24头皖岳黑猪进行全基因组重测序，检测皖岳黑猪全基因组变异类型、分析群体遗传多样性参数；结合公共数据库信息，下载北京黑猪、杜洛克、大白猪、蓝塘猪、民猪、深县黑猪的SNPs信息，利用挑选最大分类能力方法，将7个品种133个个体的SNPs分成两个数据集，进行皖岳黑猪特征位点选择，并对筛选到的SNPs进行基因功能注释。全基因组重测序分析结果显示，皖岳黑猪群体共获得31 534 384个SNPs，43 673个SVs，3 258个CNVRs，并筛选出33个皖岳黑猪特异位点；对33个SNP位点所注释基因进行功能富集分析，发现它们与生长（SUSD4、NELL1、GPC6）、繁殖（KHDRBS2、CRISP1）、免疫（NECTIN1）、神经调节及环境适应性（GRIK4）相关；群体遗传结构分析结果显示，皖岳黑猪有效群体较小为4.2，个体间的遗传距离在0.157 4~0.287 3之间，平均为0.243 5±0.022 2；皖岳黑猪群体期望杂合度为0.320，观察杂合度为0.328，多态性标记比例为0.788，多态性较为丰富；皖岳黑猪基因组ROH总长度在14.6~178.0 Mb，平均ROH长度为（61±9.4） Mb，群体近交系数较低，为0.025±0.004。综上，皖岳黑猪基因组遗传变异位点丰富，证明了皖岳黑猪在选育过程中保留了较丰富的遗传多样性，个体间遗传距离较远。结果为皖岳黑猪的持续选育提供了科学参考。

来源：2023年第7期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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