畜牧兽医学报

作者：张任豹, 周东辉, 周李生, 高霄霄, 柳楠, 贺建宁

单位：青岛农业大学动物科技学院, 青岛 266109

关键词：济宁青山羊,SNP芯片,遗传多样性,亲缘关系,群体遗传结构

基金：山东省自然科学基金（ZR2020MC167）；山东省农业良种工程（2019LZGC012）；中央引导地方科技发展资金（YDZX2021082）；山东省畜禽遗传资源保种场、基因库保护项目（20220388）

旨在探究山东济宁青山羊保种群体的遗传多样性、亲缘关系及家系结构。本研究利用Illumina 70 K Goat SNP芯片对40只成年济宁青山羊全基因组范围内的SNP进行检测，利用Plink软件、GCTA工具和R语言，对济宁青山羊的遗传结构、亲缘关系和近交系数进行分析，以期揭示个体之间的亲缘关系。结果共得到67 088个SNPs，个体的基因型检出率达到了98%以上；通过Plink （V1.90）软件质控，过滤掉一个样本，剩余的SNPs有57 991个，其中85.5%的SNPs具有多态性；各位点平均有效等位基因数为1.697，平均多态信息含量（PIC）为0.283，最小等位基因频率（MAF）为0.293，群体平均观察杂合度（Ho）为0.409，平均期望杂合度（He）为0.418；济宁青山羊保种群体的平均状态同源（IBS）遗传距离为0.333 4。23只种公羊的平均IBS遗传距离为0.330 3，IBS遗传距离和G矩阵结果均表明部分种羊之间有亲缘关系。在40只个体中共检测到347个长纯合片段（ROH），基于ROH值计算的群体平均近交系数为0.047 9，近交程度低，群体遗传多样性丰富。基于IBS距离矩阵、G矩阵，结合邻接系统发育树，以公羊间分子亲缘系数0.1为标准进行聚类，将23只公羊划分为14个家系。综上，济宁青山羊保种群体遗传多样性较丰富，近交程度低，保种效果良好，建议后续工作持续关注各家系数量，确保家系结构维持平衡。

来源：2023年第7期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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