畜牧兽医学报

作者：赵真坚, 王书杰, 陈栋, 姬祥, 申琦, 余杨, 崔晟頔, 王俊戈, 陈子旸, 唐国庆

单位：1. 四川农业大学动物科技学院, 农业农村部畜禽生物组学重点实验室, 成都 611130;2. 四川农业大学 "畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室", 成都 611130

关键词：低深度全基因组测序,内江猪,群体结构,遗传多样性

基金：四川省科技厅项目(2020YFN0024;2021ZDZX0008;2021YFYZ0030);四川省猪创新团队(sccxtd-2022-08);农业部生猪产业体系项目(CARS-35-01A)

旨在更好的了解内江猪群体结构和遗传多样性,更好的保护和利用内江猪遗传资源。本研究基于低深度全基因组测序,检测了133头(12头公猪,121头母猪)内江猪的SNP,按照SNP检出率大于90%和95%获得两组SNP数据,分别编号为NJ90和NJ95。针对两组数据,通过群体分层、遗传距离、亲缘关系、家系划分等方法分析了内江猪群体结构,通过等位基因频率、有效等位基因数、多态性标记比、杂合度等指标估计了群体遗传多样性,最后利用不同方法评估了群体近交系数。结果显示:1)NJ90共包含135 760个SNPs位点,其等位基因频率为0.87,有效等位基因数为1.27,多态性标记比为0.76,观测杂合度为0.15,期望杂合度为0.21;NJ95包含32 266个SNPs位点,其等位基因频率为0.79,有效等位基因数为1.44,多态性标记比为0.74,观测杂合度为0.30,期望杂合度为0.31。2)NJ90结果显示群体平均遗传距离为0.20,平均亲缘系数为0.9%;NJ95结果显示群体平均遗传距离为0.25,平均亲缘系数为0.7%。3)根据NJ90公猪和群体聚类以及亲缘关系,可将群体分为6个家系。4)根据SNP纯合性评估群体近交系数,NJ90和NJ95平均近交系数分别为0.27和0.01;根据连续性纯合片段估计群体近交系数,NJ90和NJ95平均近交系数分别为6.65%和0.02%。综上所述,内江猪群体具有较为丰富的遗传多样性,群体遗传距离和亲缘关系较远,近交程度较低,根据公猪聚类和亲缘关系可以分为6个家系,具有较好的遗传资源保护和开发利用的基础。同时低深度重测序对比SNP芯片能够更大范围覆盖基因组信息,对群体遗传多样性分析和遗传结构分析更具参考价值。

来源：2023年第6期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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