畜牧兽医学报

作者：陶璇, 杨雪梅, 梁艳, 刘一辉, 汪勇, 孔繁晶, 雷云峰, 杨跃奎, 王言, 安瑞, 杨坤, 吕学斌, 何志平, 顾以韧

单位：1. 四川省畜牧科学研究院, 动物遗传育种四川省重点实验室, 成都 610066;2. 四川省畜牧总站, 成都 610041;3. 泸州市农业农村局, 泸州 646000;4. 泸州市现代农业发展促进中心, 泸州 646000

关键词：丫杈猪,SNP芯片,遗传多样性,遗传结构

基金：国家重点研发项目(2021YFD1301101;2021YFD1301104);四川省科研院所基本科研项目(SASA202102);四川省科技创新人才项目(2022JDRC0037);四川省重大科技专项(2021ZDZX0011;2021ZDZX0008);国家自然科学基金区域创新发展项目(U19A2036);四川省重点研发项目(2021YFYZ0030;2021YFYZ0009;2019YFN0004;2020YFN0147;2022YFN0047;2023YFN0088);财政部和农业农村部

旨在研究丫杈猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构。本研究采用"中芯一号"芯片检测了166头丫杈种猪的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP);利用Plink软件计算观察杂合度、期望杂合度、多态信息含量、最小等位基因频率,分析丫杈猪群体的遗传多样性;采用Plink软件构建状态同源(identity by state, IBS)距离矩阵和分析连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH),采用GCTA软件构建G矩阵,分析丫杈猪群体的亲缘关系;采用Mega X软件构建群体进化树,分析丫杈猪群体的家系结构。结果显示,166头丫杈猪共检测到45 211个SNPs位点,通过质量控制的SNP位点有36 243个;有效等位基因数为1.529,多态性信息含量为0.254,多态性标记比例为0.875,最小等位基因频率为0.233;期望杂合度为0.329,观察杂合度为0.344;状态同源平均遗传距离为0.259 5,状态同源距离矩阵和G矩阵结果均表明大部分丫杈猪呈中等程度的亲缘关系;ROH片段共有3 226个,其中40.96%的长度在0~100 Mb之间,基于ROH的平均近交系数为0.069;群体进化树结果表明,丫杈猪公猪被分为8个血缘,数量与传统系谱记录的相同,但血缘间有个体差异。综上所述,丫杈猪保种群的有效群体含量偏低,遗传多样性中等偏低,近交程度不严重,可引入或创建新血缘,扩大有效群体含量,提高群体遗传多样性。

来源：2023年第6期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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