畜牧兽医学报

作者：叶峻宁, 邓铭, 薛慧雯, 柳广斌, 邹娴, 孙宝丽, 郭勇庆, 刘德武, 李耀坤

单位：1. 华南农业大学 动物科学学院, 广州 510642;2. 广东省农业科学院动物科学研究所, 畜禽育种国家重点实验室/广东省畜禽育种与营养研究重点实验室, 广州 510640

关键词：雷州山羊,mRNA,lncRNA,背最长肌

基金：广东省现代农业产业技术体系(2019KJ127)；广东省科技特派员驻镇帮镇扶村项目(KTP20210344)

旨在分析雷州山羊胎儿70、90及120天背最长肌转录组测序中的差异表达mRNAs和lncRNAs及其靶基因，对差异表达基因进行功能富集分析，挖掘影响雷州山羊胎儿骨骼肌发育的关键候选基因。本研究选用年龄约2.5～3.5岁，饲养状况相同，健康无病，体重接近的雷州母山羊，分为妊娠期70、90和120天3组，每组各3只共9只，提取其胎儿背最长肌的RNA构建文库后使用Illumina HiSeqTM2500进行转录组测序，以Q<0.05为阈值筛选出差异mRNAs和lncRNAs并进行生物学功能富集分析及构建靶向关系网络。最后通过荧光定量PCR鉴定差异基因表达水平，验证测序结果的可靠性。结果发现，在M70 vs. M90组中，总共发现185个差异表达mRNAs，其中170个上调，15个下调，62个差异表达lncRNAs，40个上调，22个下调；在M120 vs. M90组中，共发现1 048个差异表达mRNAs，666个上调，382个下调，352个差异表达lncRNAs，175个上调，177个下调。其中TNNT3、TNNI1、TNNT1、TNNI2、ITGA4、ITGA11、ITGB4等基因参与肌肉发育相关的调控通路如肌钙蛋白复合物、肌丝、粘附斑、ECM-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路等。根据lncRNA与mRNA的位置关系进行cis靶基因预测，总共筛选到37 464个靶基因，有10个差异表达mRNAs被差异表达lncRNA靶向，其中NDUFB2、BRAF、METTL7B和ITGA7参与粘着斑以及肌动蛋白细胞骨架的调控，METTL7B和ITGA7还参与PI3K-Akt信号通路，lncRNA TCONS_00214300靶向METTL7B和ITGA7。同时，8个差异表达mRNAs和lncRNAs的RT-PCR结果显示，8个基因的表达水平与转录组测序的表达趋势相似，说明测序结果可靠。结果显示，发现了影响雷州山羊胎儿肌肉发育的mRNA与lncRNA，发现了一些差异表达lncRNA和mRNA可能存在调控关系，对了解雷州山羊胎儿肌肉发育的分子调控机制提供了新的参考，也为雷州山羊分子选育提供了理论借鉴。

来源：2023年第3期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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