畜牧兽医学报

作者：李隐侠, 牙生江·那斯尔, 赛里克·都曼, 钱勇, 曹少先, 王伟列, 孟春花, 张俊, 张建丽

单位：1. 江苏省农业科学院畜牧研究所, 南京 210014;2. 新疆克孜勒苏柯尔克孜自治州克州畜牧兽医局, 阿图什 845350;3. 新疆克孜勒苏柯尔克孜自治州祥泰牧业有限公司, 阿图什 845350

关键词：柯尔克孜羊,SNPs芯片,遗传多样性,遗传结构

基金：江苏省对口援疆克州揭榜挂帅-柯羊选育与推广项目（KZZB-2022170）

旨在了解柯尔克孜羊群体的遗传多样性和遗传结构，有效地保护和利用其遗传资源。本研究利用绵羊SNP 50K v3芯片检测61只柯尔克孜种羊（31只公羊、30只母羊）个体的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）；Plink （V1.90）软件对数据进行质控，计算群体有效含量、多态标记的比例、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量、有效等位基因数、最小等位基因频率，分析群体的遗传多样性；Plink计算连续性纯合片段（runs of homozygosity，ROH）和近交系数FROH；构建状态同源距离矩阵（identical by state，IBS），并采用Gmatrix软件构建G矩阵，解析柯尔克孜羊群的遗传距离和亲缘关系；使用Mega X软件构建种公羊进化树，分析群体家系结构。结果显示，61只柯尔克孜羊共得到64 734个SNPs标记，通过质检的SNPs为56 763个；平均多态信息含量为0.273±0.112，平均观察杂合度和平均期望杂合度分别为0.368±0.140和0.368±0.130，平均最小等位基因频率为0.263±0.147。柯尔克孜羊群平均IBS遗传距离为0.294，G矩阵和IBS距离矩阵结果均表明柯尔克孜羊群个体间亲缘关系较远。61只柯尔克孜羊共检测到200个ROHs，67.5%的ROHs长度在1~5 Mb之间，56只柯尔克孜羊ROH长度在0~50 Mb之间。基于ROH的平均近交系数为0.008 19±0.018 8，其中公羊平均近交系数为0.004 65±0.008，说明柯尔克孜羊群体的近交程度较低。进化树结果表明，柯尔克孜羊群目前有25个家系，大部分家系公羊数量太少。综上所述，SNP芯片评估柯尔克孜羊群体的遗传多样性和遗传结构，发现柯尔克孜羊群体遗传多样性较丰富，群体内近交程度低，虽然家系较多，但是每个家系种公羊数量太少，需要加强种公羊的后代选育，避免血统流失。

来源：2023年第2期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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