畜牧兽医学报

作者：吴平先, 陈力, 龙熙, 柴捷, 张廷焕, 徐顺来, 郭宗义, 王金勇

单位：1. 重庆市畜牧科学院, 荣昌 402460;2. 国家生猪技术创新中心, 荣昌 402460

关键词：荣昌猪,全基因组关联分析,产仔数,死胎数,初生窝重

基金：重庆市财政专项资金项目(22514C)；重庆市绩效激励引导专项(cstc2021jxjl8001)；国家生猪技术创新中心奖补专项(21606)

旨在鉴定荣昌猪初产繁殖性状的重要变异位点和基因，为荣昌猪繁殖性状的遗传改良提供重要的分子标记和基因资源。本研究选取429头荣昌母猪进行猪50K芯片基因分型，经过质量控制和基因型填充后，保留35046个SNPs用于分析。采用主成分分析法研究群体结构，利用混合线性模型(mixed-linear model，MLM)将出生年、出生月作为固定效应，将主成分值作为协变量对总产仔数、活产仔数、死胎数和初生窝重性状进行全基因组关联分析(GWAS)。结果显示，在全基因组显著水平上鉴定出2个影响荣昌猪初生窝重的SNPs和1个影响荣昌猪死胎数的SNP；在潜在显著水平上鉴定到5个影响荣昌猪总产仔数的SNPs，3个影响荣昌猪活产仔数的SNPs和10个影响荣昌猪死胎数的SNPs。通过全基因组关联分析筛选到1个显著的SNP(SSC17:57 315 180bp)同时影响荣昌猪总产仔数、活产仔数和初生窝重，1个显著的SNP(SSC1:279 214 647bp)同时影响荣昌猪活产仔数和总产仔数，暗示基因在不同性状间具有一因多效性。本研究根据候选基因的相关分子生物学功能，确定BMP7基因为影响荣昌猪总产仔数、活产仔数和初生窝重的重要候选基因，MSH3和CBLB基因为影响荣昌猪死胎数的重要候选基因。以上结果为荣昌猪繁殖性状提供了重要的遗传变异位点和候选基因，也为荣昌猪繁殖性状的基因组选择提供了重要的理论基础。

来源：2023年第1期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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