畜牧兽医学报

作者：赵保才, 赵帅阳, 关贵全, 罗建勋, 曹天行, 张志刚, 石苗, 刘军龙, 赵洪喜

单位：1. 宁夏大学农学院, 银川 750021;2. 中国农业科学院兰州兽医研究所/家畜疫病病原生物学 国家重点实验室/甘肃省动物寄生虫病重点实验室, 兰州 730046

关键词：环形泰勒虫,牛单核细胞,转录组,信号通路

基金：国家自然科学基金(31760727)；宁夏自然科学基金(2022AAC03017)

本试验主要通过研究布帕伐醌(BW720)处理前后，环形泰勒虫转化牛单核细胞(TaNM Ⅰ)转录组数据的变化情况，为进一步研究环形泰勒虫诱导宿主细胞转化的分子机制奠定基础。以环形泰勒虫感染的牛单核细胞为试验材料，设置对照组(二甲基亚砜,DMSO)和试验组(BW720)，利用Illumina HiSeq4000测序平台进行高通量测序，将测序得到的原始数据(Raw reads)与GenBank和Rfam数据库进行比对过滤，通过质控获得最终数据(Clean read)。利用Venn分析软件筛选出DMSO组和BW720组中差异表达明显的基因，进行功能注释(GO)以及信号通路(KEGG)分析。随机选择10个基因，利用荧光定量PCR (qPCR)检测基因在不同处理条件下细胞中的表达量。在验证测序结果的准确性后，选出差异表达明显的基因，分析其在TaNM Ⅰ细胞的凋亡、增殖等信号通路方面的作用。结果显示：BW720组和DMSO组中分别得到6 854 019 704和6 627 265 854条Raw reads，过滤、质控后分别得到22 925 606和22 171 427条Clean reads。BW720组和DMSO组中筛选出差异表达明显的基因共计4 054个(P＜0.05)，其中，2 146个基因显著上调，1 908个基因显著下调；进一步筛选出共同差异表达的基因367个，其中，显著上调的196个，显著下调的171个。同时，qPCR验证随机选择10个基因的表达趋势与转录组测序结果一致，表明测序结果可靠。然后对差异表达基因进行GO功能注释，筛选到与细胞增殖相关的20个生物学过程、15个细胞组分以及11个分子功能条目。KEGG富集分析结果显示，在Top20的信号通路中筛选出与环形泰勒虫转化细胞有关的一些信号通路，如：癌症信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等。对这些信号通路进一步分析发现：PI3KR3、FOXO1、IL23A、FZD3、AKT、MMP9等基因在环形泰勒虫转化细胞的研究中也有相关文献的报道。本研究表明，在TaNM Ⅰ细胞中DAPK1、FZD3、FOXO3、PI3KR3等可能在感染细胞无限增殖的过程中发挥作用，为后续研究TaNM Ⅰ细胞无限增殖机制奠定了基础。

来源：2022年第12期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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