畜牧兽医学报

作者：陶璇, 何志平, 梁艳, 杨雪梅, 雷云峰, 王言, 胡紫惠, 廖坤, 肖贤勋, 格桑, 马贵云, 吉绒丹增, 敖翔, 吕学斌, 顾以韧

单位：1. 四川省畜牧科学研究院 动物遗传育种四川省重点实验室, 成都 610066;2. 通江县农业局, 巴中 636700;3. 稻城县农牧农村和科技局, 甘孜 627750;4. 乡城县农牧农村和科技局, 甘孜 627850;5. 荣县农牧农村和科技局, 甘孜 627950;6. 四川铁骑力士集团冯光德实验室, 绵阳 621006

关键词：四川地方猪,徒河黑猪,单核苷酸多态性

基金：国家重点研发计划项目（2021YFD1301101；2021YFD1301104）；四川省科研院所基本科研项目（SASA202102）；四川省科技创新人才项目（2022JDRC0037）；四川省重大科技专项（2021ZDZX0011；2021ZDZX0008）；国家自然科学基金区域创新发展项目（U19A2036）；四川省重点研发项目（2021YFYZ0030；2021YFYZ0009；2019YFN0035；2018NZ0150；2019YFN0004；2020YFN0147；2022YFN00

旨在分析四川省7个地方猪种类群和山东省徒河黑猪重要经济性状关联SNP位点基因型分布及群体间遗传结构。本研究采用中芯一号芯片对23头成华猪、26头雅南猪、60头青峪猪、57头内江猪、151头丫杈猪、57头乌金猪（凉山类群）、51头平原藏猪、109头高原藏猪和28头徒河黑猪共562头健康种猪进行了单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）分析，利用Plink软件对获得的基因型数据进行质控，结合R等软件，统计分析猪7个重要经济性状的基因型；采用Mega X软件进行聚类分析，使用Plink软件进行主成分（PCA）分析，通过VCFtools软件计算猪群间的群体遗传分化指数（Fst），分析群体间遗传关系远近。结果显示，四川省地方猪群体中，采食量、酸肉和应激性状的非优势基因型比例均在2.20%以下；抗仔猪腹泻、料重比（FCR）、公猪精液品质和多肋性状的非优势基因型比例分别为8.99%、11.80%、73.97%和95.32%；徒河黑猪群体中，应激性状已无q等位基因，采食量和酸肉性状的非优势基因型比例较低，均为3.57%；公猪精液品质、抗仔猪腹泻、料重比和多肋性状的非优势基因型比例较高，分别为39.29%、50.00%、82.14%和92.86%；聚类和主成分分析显示，徒河黑猪与四川地方猪种间遗传距离远，丫杈猪、乌金猪、内江猪和藏猪（平原和高原）各自聚为一类，品种间群体分层结构明显，雅南猪、成华猪、青峪猪聚为一类；Fst指数计算结果表明，同属于湖川山地猪的丫杈猪和青峪猪间存在高度遗传分化。结果提示，四川省地方猪群体的采食量、酸肉、应激、抗仔猪腹泻和料重比性状的非优势基因型比例较低，公猪精液品质和多肋性状的非优势基因型比例较高；徒河黑猪群体的应激性状已无q等位基因，采食量和酸肉性状的非优势基因型比例较低，公猪精液品质、抗仔猪腹泻、料重比和多肋性状的非优势基因型比例较高；群体遗传结构研究结果表明，丫杈猪与青峪猪都归类于湖川山地猪有待商榷。

来源：2022年第10期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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