畜牧兽医学报

作者：陈宇, 邱奥, 张梓鹏, 都鹤鹤, 白俊艳, 王贵江, 罗文学, 倪俊卿, 李凯, 丁向东

单位：1. 河南科技大学动物科技学院, 洛阳 471000;2. 中国农业大学动物科学技术学院畜禽育种国家工程实验室 农业农村部动物遗传育种与繁殖重点实验室, 北京 100193;3. 河北省畜牧良种工作总站, 石家庄 050061;4. 河南省畜牧总站, 郑州 450008

关键词：猪,液相芯片,基因型填充,分子育种

基金：河北省重点研发计划项目（19226376D）；财政部和农业农村部：国家现代农业产业技术体系（CARS-35）；国家重点研发计划项目（2019YFE0106800）

旨在探究低密度液相芯片在生产实践中的实用性，降低育种成本。本试验选用了3 761头约160日龄，110 kg左右健康大白猪，随机抽取100头大白猪，根据10K芯片标记信息，从50K芯片中抽取标记生成10K芯片，作为填充群体。再从剩余群体中，分别随机抽取800、2 000、3 600个个体作为参考群体，使用Beagle 4.1软件对100头填充群体进行基因型填充至50K芯片，重复10次，以基因型一致性和基因型相关系数来评价基因型填充的准确性。结果表明，10K和50K芯片平均连锁不平衡（r2）程度为0.227和0.258，相差不大。最小等位基因频率（MAF）为0.05是基因型填充准确性的拐点，剔除掉MAF<0.05标记后，填充准确性明显升高。填充准确性随参考群体规模增大而上升，参考群由800头扩大到3 600头，填充准确性从0.90提高到0.95，10次重复的标准差也从0.006下降到0.002。对于较小的参考群体规模，染色体基因型填充准确性波动较大，随着参考群体规模增大，每条染色体填充准确性相差不大。本研究结果表明，猪液相芯片从10K填充到50K是可行的，可以大规模用于基因组选择，降低基因组选择育种成本。

来源：2022年第10期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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