畜牧兽医学报

作者：陶伟, 侯黎明, 王彬彬, 刘航, 李开军, 尹彦镇, 郭皓, 牛培培, 张总平, 李强, 黄瑞华, 李平华

单位：1. 南京农业大学养猪研究所, 南京 210095;2. 南京农业大学淮安研究院, 淮安 223001;3. 淮安市淮阴新淮种猪场, 淮安 223322;4. 江苏现代农业 (生猪) 产业体系集成创新中心, 南京 210095

关键词：猪,滴水损失,选择信号,Fst,iHS,候选基因

基金：国家自然科学基金(U1904115)；农业品种改良提升专项(19210387)；江苏省农业重大新品种创制项目(PZCZ201732)；2017年度“淮上英才计划”创新创业领军人才项目

旨在鉴定影响猪群体滴水损失变异的相关候选基因，为猪肉质选育奠定基础。本研究利用478头体质健康，平均日龄为237.95 d的苏淮猪个体，其中阉公猪290头，母猪188头。采集所有个体的背最长肌样本后，采用吊袋法测定滴水损失(drip loss, DL)表型，计算群体滴水损失估计育种值(estimated breeding value, EBV)，选择其中EBV极高(N=48)和极低(N=48)各10% 的个体进行猪80K芯片基因分型。借助群体分化指数(fixation index, Fst)和基于单倍型信息的单倍型积分值(integrated haplotype score, iHS)方法对苏淮猪进行全基因组选择信号检测，选择 iHS值在前5%，同时Fst值≥0.15的SNP位点作为受选择的位点，接着对受选择SNP上、下游各50 kb的区域进行基因注释，并对所有基因进行KEGG和GO富集分析，鉴别与猪滴水损失相关的候选基因。通过对芯片分型数据质控后，96个样本的51 705个有效SNPs用于后续分析。通过Fst和iHS选择信号合并分析，共筛选出175个受选择的SNPs，主要位于1、6、7、11号染色体上，其中仅有27个SNPs位于已报道的影响猪滴水损失的QTL区域上。对受选择SNP 位点附近区域进行基因注释显示，175个SNPs涉及到 73 个基因，其中多个基因被报道与肌肉发育以及细胞氧化应激等功能相关，包括PACRG、EZR、MRTFA、LCP1和VKORC1L1基因，这5个基因都是新发现的功能上与猪滴水损失有关的候选基因。选择3个位于功能候选基因上，同时又位于QTL区域内的SNPs进行苏淮猪全群分型，并与滴水损失进行关联性分析。结果发现，位于MRTFA 基因上的rs340037952位点与苏淮猪群体滴水损失存在显著关联(P<0.05)，位于VKORC1L1基因上的rs320624660与苏淮猪群体滴水损失存在极显著关联(P<0.01)。本研究通过选择信号分析找到175个受选择的SNPs，基因功能注释鉴别到5个影响滴水损失的候选基因，还分别在MRTFA和VKORC1L1基因上鉴别到与苏淮猪群体的滴水损失存在显著关联的位点：rs340037952和rs320624660，为后续猪滴水损失性状的选育提供了前期基础。

来源：2022年第5期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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