畜牧兽医学报

作者：路玉洁, 莫家远, 綦文晶, 朱思燃, 杨丽丽, 刘巧玲, 卜亚歌, 兰干球, 梁晶

单位：广西大学动物科学技术学院, 南宁 530004

关键词：群体遗传结构,产仔数,选择信号,SNP位点,候选基因

基金：国家现代农业产业技术体系（nycytxgxcxtd-15-01）；广西创新驱动发展专项（桂科AA17204029）；广西科技重大专项（桂科AA17292002）

旨在对几个中国地方猪品种进行群体遗传结构分析，并筛选与中国地方猪产仔数相关的基因组选择信号及候选基因。本研究下载了6个中国地方品种猪共计102头个体的Illumina PorcineSNP60芯片数据，构建了包括19头迪庆藏猪、16头明光小耳猪、16头五指山猪在内的低产仔数组和包括11头姜曲海猪、20头蓝塘猪、20头梅山猪在内的高产仔数组，经质控和基因型填充后，使用软件进行亲缘关系分析、主成分分析、连锁不平衡衰减分析、群体遗传结构分析、进化树构建和选择信号分析，并对受选择位点进行基因定位和功能富集分析。对数据进行质控和基因型填充后共获得33 285个SNPs位点，6个中国地方猪品种间个体的亲缘关系较远，品种内个体亲缘关系较近；6个群体的LD衰减速度都非常快，依次为梅山猪<蓝塘猪<姜曲海猪<明光小耳猪<五指山猪或迪庆藏猪；梅山猪群体内存在3个亲缘关系较高的小群体，明光小耳猪有部分个体与迪庆藏猪聚集在一起，各个猪种在进化树的距离与其地理距离较为一致。选择信号分析共筛选到176个受选择的SNPs位点，在其上、下游12.68 kb范围内共检测到66个候选基因，富集到6条信号通路。通过文献查阅发现5个可能与繁殖性状相关的基因，其中CHD7与生长发育迟缓和生殖器异常相关，FBXO43与繁殖力相关并且影响呈圆周运动的精子数量，RUNX1控制雌激素、雄激素和前列腺素的分泌，STRBP与卵巢发育有关，TEDDM1在附睾中特异性表达。CHD7、FBXO43、RUNX1、STRBP和TEDDM1基因可能作为中国地方猪产仔数性状的候选基因。

来源：2022年第2期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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