畜牧兽医学报

作者：宋明坤, 薛明明, 张力戈, 颜铎, 夏宁, 商鹏, 李新建, 韩雪蕾, 乔瑞敏, 李秀领, 李明, 王克君

单位：1. 河南农业大学动物科技学院, 郑州 450002;2. 西藏农牧学院动物科学学院, 林芝 860000

关键词：藏猪,大约克夏猪,RNA-seq,lncRNAs,肉质性状

基金：西藏自治区重大科技专项（XZ202101ZD0005N）；国家自然科学基金（32002142）；河南省科技攻关项目（192102110067；212102110003；202102110242）

旨在分析藏猪和大约克夏猪（180日龄）背最长肌组织中与猪肉质性状相关的长链非编码RNA （lncRNAs）和基因，探讨lncRNAs在猪肉品质中的分子调控作用，为猪肉质性状的改良提供理论依据。本研究根据先前公布的数据，以饲养在相同条件下的180日龄健康藏公猪（n=3）和大约克夏公猪（n=3）为研究对象，收集背最长肌肉品质表型数据，利用相同个体背最长肌转录组数据筛选差异表达lncRNAs和差异表达基因（DEGs）。根据差异表达lncRNAs和DEGs位置关系以及表达的相关性预测lncRNAs顺式作用（cis）和反式作用（trans）的靶DEGs，并对trans靶DEGs进行GO生物学过程和KEGG通路富集分析。进一步筛选潜在影响肌肉生长发育和脂肪沉积的候选差异表达lncRNAs和靶DEGs，构建lncRNAs-DEGs-生物学过程调控网络。最后将筛选的候选靶基因与藏猪和大约克夏猪的肉质性状（滴水损失、pH、肉色、大理石花纹、肌内脂肪含量、肌纤维横截面积、眼肌面积和维生素B1含量）进行关联分析。结果显示，在藏猪和大约克夏猪背最长肌组织中共鉴定出1 546个lncRNAs和20 219个mRNAs，其中包括49个差异表达lncRNAs和154个DEGs，差异表达lncRNAs分别顺式和反式调控7个和138个靶DEGs。功能富集分析发现，大量靶DEGs显著富集到与肌肉生长发育和脂肪沉积相关的生物学过程，包括磷脂酰肌醇3-激酶信号的正调控、肌肉结构发育、脂肪细胞分化、JAK-STAT级联的正调控、MAPK级联的正调控等。调控网络显示，MSTRG.34836.10、MSTRG.151.1调控的靶DEGs最多，其次是MSTRG.21406.1、MSTRG.26709.1。关联分析发现，这些lncRNAs调控的候选靶DEGs有11个与肉质性状显著相关。综上表明，本研究鉴定的部分差异表达lncRNAs与肌肉生长发育和脂肪沉积有关，分析发现这些差异表达lncRNAs可能通过调控HES1、LEP、TGFB2和PER2等基因的表达影响猪肉品质，为进一步解析猪肉质性状的潜在分子机制奠定了基础。

来源：2022年第1期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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