畜牧兽医学报

作者：阳文攀, 叶绍潘, 叶浩强, 林清, 魏趁, 张志刚, 张细权, 陈赞谋, 张哲

单位：1. 华南农业大学动物科学学院 国家生猪种业工程技术研究中心, 广州 510642;2. 福建傲农生物科技集团股份有限公司, 漳州 363000;3. 厦门银祥集团有限公司 肉食品安全生产技术国家重点实验室, 厦门 361100;4. 汕头大学理学院, 广东省海洋生物技术重点实验室, 汕头 515063

关键词：鸡,基因型填充,参考群筛选方法,参考群规模,填充准确性

基金：财政部和农业农村部：国家现代农业产业技术体系资助

为探究基于A矩阵期望遗传关系最大化（maximizing the expected genetic relationship for matrix A，RELA）、基于A矩阵目标群体遗传方差最小化（minimized the target population genetic variance for matrix A，MCA）、平均亲缘关系最大化（the highest mean kinship coefficients，KIN）、随机选择（random selection，RAN）、共同祖先筛选（common ancestor，CA）等不同参考群筛选方法及参考群规模对基因型填充准确性的影响。本研究使用矮小型黄羽肉鸡作为试验群体，采用鸡600K SNP芯片（Affymetrix Axion HD genotyping array）进行基因分型，测定435羽子代公鸡45、56、70、84、91日龄体重。利用Beagle软件将低密度SNP芯片填充为高密度SNP芯片数据，比较不同参考群筛选方法、参考群规模对基因型填充准确性的影响，以及填充芯片基因组预测准确性。结果表明，使用Beagle 4.0结合系谱信息进行填充效果最佳，其次为Beagle 4.0，而Beagle 5.1填充效果最差。使用MCA方法筛选参考群进行基因型填充准确性最高，使用RAN方法筛选参考群进行基因型填充准确性最低，MCA、RELA、CA 3种方法基因型填充准确性差别较小。相比其他方法，使用MCA方法筛选个体作为参考群将低密度SNP芯片填充至高密度SNP芯片进行基因组选择的预测准确性较高，与真实高密度SNP芯片的基因组预测准确性相差甚微。随着参考群规模增大，基因型填充准确性也随之增加，但增速逐渐下降，最后趋于平缓。综上所述，可以通过参考群筛选方法构建参考群以及控制参考群规模，以保证基因型填充和基因组预测准确性并节省成本，本研究为基因型填充在畜禽遗传育种中的应用提供技术参考。

来源：2021年第12期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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