畜牧兽医学报

作者：李开军, 侯黎明, 蒲广, 刘航, 刘根盛, 石传宗, 金通, 周娟, 李平华, 黄瑞华

单位：1. 南京农业大学养猪研究所, 南京 210095;2. 南京农业大学淮安研究院, 淮安 223001;3. 淮安市淮阴新淮种猪场, 淮安 223322;4. 江苏现代农业(生猪)产业技术体系集成创新中心, 南京 210095;5. 淮安沐林新农村发展研究有限公司, 淮安 223001

关键词：苏淮猪,纤维表观消化率,选择信号,Fst,nSL,纤维消化相关基因

基金：国家自然科学基金（31872318）；江苏现代农业产业技术体系建设专项资金（JATS[2020]399；JATS[2020]179）

旨在鉴定苏淮猪（含25%淮猪和75%大白猪血统的国家级新品种）在培育过程中受选择的与纤维表观消化率性状相关的基因片段，为解析苏淮猪耐粗饲遗传机制奠定基础。本研究首先检测分析了331头160日龄苏淮猪个体的中性洗涤纤维（neutral detergent fiber，NDF）表观消化率，计算群体NDF表观消化率估计育种值（estimated breeding value，EBV），选择其中EBV极高和极低各10%的个体（N=66）进行猪80K芯片基因分型。借助群体分化指数（fixation index，Fst）和按长度划分隔离点数（number of segregating sites by length，nSL）法分析苏淮猪群体内的选择信号分布情况，寻找选择信号区域内与纤维消化相关的重要基因。最后，选择两种分析中受选择的共有SNPs位点在苏淮猪全群分型，开展与NDF表观消化率的关联性分析，进一步确定影响苏淮猪NDF表观消化率的SNPs位点。结果显示，通过对高、低NDF表观消化率苏淮猪群体芯片分型数据质控，共有51 367个有效SNPs位点用于后续分析。通过Fst和nSL选择信号分析，共鉴定到146个受选择信号区域和361个受选择的基因，其中多个基因被报道与肠道健康和肠道发育等功能相关，包括MTHFD1L、PHLPP1、TRPM6、MCC、NEDD9、UVRAG和KLF5等基因。选择两种分析中受选择且共有的8个SNPs位点，通过SNP与苏淮猪全群NDF表观消化率的关联性分析，发现rs81363074、rs327393763和rs81404927位点与苏淮猪群体NDF表观消化率存在显著关联（P<0.05），rs81347101和rs318870857位点与苏淮猪群体NDF表观消化率存在极显著关联（P<0.01）。其中，rs81363074位点位于MCC基因第二内含子上。通过高、低NDF表观消化率苏淮猪群体Fst和nSL选择信号分析，筛选到146个受选择信号区域，鉴定到影响苏淮猪NDF表观消化率的受选择候选基因MTHFD1L、PHLPP1、TRPM6、MCC、NEDD9、UVRAG和KLF5，筛选到了5个与NDF表观消化率显著关联的SNPs位点。本研究结果为解析苏淮猪耐粗饲性状的遗传机制奠定了重要基础。

来源：2021年第7期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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