畜牧兽医学报

作者：李巧伟, 杨亚岚, 易国强, 陈慕雅, 王斌虎, 范新浩, 唐中林

单位：1. 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所, 北京 100193;2. 中国农业科学院农业基因组研究所, 深圳 518124;3. 农业部农业基因数据分析重点实验室, 深圳 518124;4. 岭南现代农业科学与技术广东省实验室, 深圳 518124

关键词：猪,环状RNA,鉴定,分子特征,骨骼肌

基金：广东省重点领域研发计划（现代种业）项目（2018B020203002；2018B020203003）；国家自然科学基金（31830090）；转基因生物新品种培育重大专项（2016ZX08009-003-006）

旨在系统鉴定猪基因组中的环状RNAs（circular RNAs，circRNAs），并对其分子特征进行分析。本研究采集长白、通城和五指山猪16个发育阶段（妊娠33、40、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100和105 d的胚胎以及出生后0和10 d）9种不同组织（背最长肌、心、脾、肺、肝、肾、胃、小肠和腿肌）样品，提取RNA再进行等量混合，构建链特异性转录组文库后，利用Illumina Genome Analyzer II平台进行测序，共获得1.18亿条总reads。采用CIRI2软件鉴定circRNAs，再利用生物信息学工具对鉴定的circRNAs进行分子特征分析。结果，共鉴定了8 486条circRNAs，其主要分布在1、6和13号染色体，91%的circRNAs为外显子型，平均长度为350 nt，平均GC含量为47.11%，每条染色体上的circRNAs数目与mRNAs数目显著正相关（R=0.84，P=1.285×10-5）。最后，筛选出3条与骨骼肌生长发育相关的circRNAs（sus-MYH2_0025、sus-CDK13_0002和sus-FANCL_0003）。分析结果表明，sus-MYH2_0025具有高度的组织特异性，sus-CDK13_0002在猪、人和小鼠中高度保守，sus-FANCL_0003在猪和大鼠中高度保守。本研究利用转录组数据在猪基因组中对circRNAs进行系统鉴定和分子特征分析，为circRNA的功能和机制研究提供了丰富的信息，并为猪分子育种提供新的潜在候选基因。

来源：2020年第12期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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