畜牧兽医学报

作者：高慧杰, 郑惠玲

单位：西北农林科技大学动物科技学院, 杨凌 712100

关键词：加权基因共表达网络分析,乳腺发育,妊娠期,泌乳期,山羊

基金：国家自然科学基金（31572368）

旨在通过加权基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis，WGCNA）筛选奶山羊不同生理阶段乳腺发育的关键基因。本研究从GEO数据库中下载奶山羊不同生理阶段（妊娠46天、70天、90天、110天和产后40天）的乳腺组织微阵列数据集GSE14008，使用R语言的WGCNA包对数据进行共表达分析。将得到的模块与生理阶段进行关联分析，选择目标模块，并根据连接度选出枢纽基因。使用DAVID网站对模块进行富集分析后，使用String网站构建模块的蛋白互作网络，并使用Cytoscape软件得到核心基因，最终与枢纽基因取交集得到目标基因。对18个样本的8 443个基因进行加权基因共表达分析，得到30个模块，并选出4个与不同生理阶段相关的目标模块及每个模块的30个枢纽基因，同时也得到4个模块的蛋白互作网络及每个网络的20个核心基因。最终，4个模块共得到13个与乳腺发育相关的目标基因（UQCR、RGL2、NOTCH1、PTBP1、PPP5C、FZR1、UBE2L3、TNF、MAT2A、ITGB2、GPR18、JAK1、CSN2）。本研究通过WGCNA、GO富集分析和PPI网络等生物信息学技术，阐明了不同生理时期乳腺发育的关键过程，及在这些过程中起关键作用的基因，这为进一步研究乳腺发育机制提供了新的思路和线索。

来源：2020年第11期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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