畜牧兽医学报

作者：周洁, 曾维俊, 杨天瑞, 程郁斐, 龙贤达, 经佩齐, 曾仰双, 徐旭, 唐国庆

单位：1. 四川农业大学, 成都 611130;2. 四川省畜牧总站, 成都 610041

关键词：基因组选择,矩阵求逆,分块迭代求逆

基金：四川省科技计划项目（20ZDYF1241）；四川生猪创新团队（SCSZTD-3-002）；国家生猪产业技术体系项目（CARS-36-01A）

基因组选择常用的评估方法GBLUP和ssGBLUP都涉及到基因组亲缘矩阵的求逆，而大规模矩阵求逆运算非常耗时。本研究以提高大型基因组亲缘矩阵求逆运算的效率为目的。本研究通过真实数据和模拟数据构建基因组亲缘矩阵，引入Intel MKL矩阵函数，以减少迭代次数（方法1）和重复分块（方法2）两种方式改良分块迭代求逆算法，编程实现算法并在台式电脑和服务器上测试计算时间。结果表明，利用方法1计算4 000×4 000的基因组亲缘矩阵逆矩阵时，与MKL库函数的加速比为0.898。而16 000×16 000矩阵的计算速度为MKL库函数的1.006倍。利用方法2计算4 000×4 000矩阵的运算速度是MKL库函数的1.084倍；而在更大型的128 000×128 000基因组亲缘矩阵求逆运算时，该方法与MKL直接求逆函数的加速比为1.805倍。相比于MKL直接求逆函数，改进后的两种方法在效率上有一定程度的提升。

来源：2020年第8期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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