畜牧兽医学报

作者：王晶晶, 张培培, 郝海生, 杜卫华, 庞云渭, 权国波, 赵善江, 邹惠影, 朱化彬, 赵学明

单位：1. 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所, 家畜胚胎工程与繁殖创新团队, 北京 100193;2. 云南省畜牧兽医科学院, 昆明 650224

关键词：牛体内囊胚,mRNA,lncRNA,circRNA

基金：国家自然基金面上项目（31972568；31472100）；中国农业科学院科技创新工程（ASTIP-IAS06）；中国农业科学院“科研英才培育工程”

旨在解析牛体内囊胚的全转录组模式。本研究选择3头15月龄以上、健康状况良好的泌乳奶牛，采用超排获得体内囊胚，采用单细胞全转录组测序技术检测囊胚mRNA、lncRNA、circRNA转录模式，并采用生物信息学工具对其进行分析。试验获得牛体内囊胚约19 975个mRNAs、12 715个novel lncRNAs及887个circRNAs。mRNA有12种可变剪切方法，以转录起始区域可变剪切（TSS）为主。采用基因本体（GO）和相关信号通路（KEGG）对其分析发现，生物功能主要富集在新陈代谢、细胞膜和蛋白结合、细胞通讯、细胞组织成分、生长发育等功能，Pathway主要富集在细胞周期、膜运输、染色体组织调控等通路；circRNA有6种类型，其中CLASSIC类型circRNA数量最多，这种剪切方式会形成成环的外显子circRNA （EcircRNA）。本研究阐明了牛体内囊胚的全转录组模式，为全面了解牛体内囊胚提供了新的思路。

来源：2020年第6期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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