畜牧兽医学报

作者：董世武, 王天骄, 刘华淼, 王磊, 唐丽昕, 邢秀梅

单位：中国农业科学院特产研究所 特种经济动物分子生物重点实验室, 长春 130112

关键词：GBS,梅花鹿,马鹿,杂交鹿,SNP,鉴别

基金：优质高效梅花鹿新品种培育（20180201043NY）；不同地区鹿类、麝类的饲料资源开发与示范（2018YFD0502204）

旨在利用基因分型测序（genotyping by sequencing，GBS）技术对梅花鹿、马鹿及其杂交后代（F1、F2）基因组的SNP特征进行分析。本试验采用GBS技术对梅花鹿（63个）、马鹿（12个）及其杂交后代（F1代112个，F2代38个，未知类型个体1个）共226个个体的血液基因组DNA进行测序，并利用本实验室前期110只梅花鹿、197只马鹿和1只F1代杂交鹿的测序数据，以梅花鹿全基因组为参考序列进行比对分析。结果，226个个体共产生Clean data 322.683 Gb，平均每个样品1 427.802 Mb；将所有样本作为一个群体检测SNP变异，共检测出SNP位点23 943 582个，质控过滤后得到SNP位点31 630个。对31 630个SNPs使用最大似然（maximum likelihood，ML）法构建的分子进化树显示，梅花鹿、马鹿、F1及F2代区分明显。对梅花鹿和马鹿的SNPs进行比对分析，筛选出可用于鉴别马鹿、梅花鹿、F1、F2的物种特异SNP位点1 032个（马鹿特异SNP位点474个，梅花鹿特异SNP位点558个），计算结果显示，F1代个体包含马鹿特异SNPs的比例主要在40%~60%之间，F2代个体含马鹿特异SNPs的比例主要在10%~30%之间，马鹿个体中不含梅花鹿的特异SNPs，梅花鹿中55.49%的个体不含马鹿特异SNPs，17.34%的个体含马鹿特异SNPs的比例低于1%，13.29%的个体含马鹿特异SNPs的比例在1%~10%之间，其余个体含马鹿特异SNPs的比例为10%~20%（其中有一个个体含马鹿特异SNPs的比例为33.3%）。该研究为花马杂交鹿后代的鉴定提供了可靠标记，并定量估计了F1和F2代个体含马鹿特异SNPs的比例，马鹿个体中不含梅花鹿的特异SNPs，这对梅花鹿、马鹿及其杂交后代（F1、F2）的鉴别具有重要意义。

来源：2019年第12期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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