畜牧兽医学报

作者：胡承哲, 周群, 李玉, 张敏, 汤承, 张斌

单位：1. 西南民族大学生命科学与技术学院, 成都 610041;2. 国家民族事务委员会青藏高原动物疫病防控创新团队, 成都 610041

关键词：藏猪,腹泻粪便,宏基因组学,分子特征,猪圆环病毒2型

基金：国家自然科学基金（31772766）；四川省教育厅创新团队项目（13TD0057）；西南民族大学研究生创新型科研项目（CX2019SZ130）

为进一步了解藏猪腹泻粪便中病毒种群，从青藏高原地区16个藏猪场采集腹泻粪便样本146份，将样本混合成一个pool样，提取RNA反转录成cDNA，建库后利用TruSeq Illumina测序，对测序的序列进行整理分析及相关病毒的分子特征进行研究。数据分析结果表明：藏猪腹泻粪便样本病毒种群包括11个病毒科的19种病毒，主要以线性和环状的小DNA病毒为主，如猪粪相关环状病毒7型、猪腺病毒和猪博卡病毒（PBoV）等；与腹泻相关的病原有猪流行性腹泻病毒（PEDV）、猪圆环病毒2型（PCV-2）和牛病毒性腹泻病毒1型（BVDV-1）3种；与腹泻相关的新发病原有porcine bufavirus、rabovirus和pasivirus 3种。利用SOAP软件组装出猪细小病毒6型（PPV-6）、PCV-2、PBoV-2完整或接近全长的基因组和戊型肝炎病毒（HEV）完整的ORF2基因序列，系统发育结果显示PPV-6和PCV-2与参考毒株有较近的遗传进化关系，PBoV-2与参考毒株有较远的遗传进化关系，单独聚为一簇，可能是一个全新的基因型。为进一步调查PCV-2在藏猪腹泻粪便中的检出率，对采集146份样本进行检测，检出率为10.96%（16/146，95% CI：6.4%~17.2%），且与四川地区PCV-2流行株有较近的亲缘关系。本研究发现藏猪腹泻粪便中病毒种类复杂多样，且可能存在与其他动物和人交叉感染情况，具有重要的公共卫生学意义，也为藏猪腹泻病防控提供一定的理论依据。

来源：2019年第12期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

查看畜牧兽医学报杂志2019年第12期