畜牧兽医学报

作者：刘丽娟, 董然然, 王开功, 程振涛, 文明, 温贵兰, 李晨, 杨琦, 周碧君

单位：1. 贵州大学动物科学学院, 贵阳 550025;2. 贵州大学动物疫病研究所, 贵阳 550025

基金：国家自然科学基金（31602065）；贵州省科学技术基金计划项目（黔科合基础[2016]1047）；贵州省科技创新人才团队建设项目（黔科合人才团队[2015]4016）

为筛选与沙门菌小RNA gcvB相关的靶基因，采用高通量的转录组测序（RNA-seq）技术对野生型沙门菌和敲除小RNA gcvB沙门菌的mRNA进行对比分析，全面地预测GcvB的靶基因的数量与种类，通过GO和KEGG数据库对筛选基因进行比对注释，进一步分析筛选基因的主要功能及涉及的生物过程。并利用荧光定量PCR对部分差异表达基因进行验证。结果显示：差异表达基因共1 244个，其中基因表达上调678个，基因表达下调566个。GO富集分析显示，差异表达基因主要涉及氧化还原活性、铁离子结合、运动活性等分子功能，细菌鞭毛的细胞成分，细胞呼吸、钴胺素代谢过程和钴胺素生物合成过程等生物过程。KEGG数据库分析显示，差异表达基因主要参与细菌趋化性、卟啉和叶绿素代谢、不同环境中的微生物代谢、双组分系统、甲烷代谢等14个信号通路。对筛选出的10个差异表达基因进行荧光定量PCR验证，结果显示：差异表达基因相对表达量与RNA-seq测序结果基本一致。本研究为进一步探明小RNA gcvB与靶基因相互作用、小RNA的调控机制，以及沙门菌致病机制奠定了基础。

来源：2019年第4期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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