畜牧兽医学报

作者：李欣, 李小俊, 陈晓丽, 赵毅强, 王栋

单位：1. 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所, 北京 100193;2. 中国农业大学生物学院, 北京 100193

基金：国家自然科学基金（31372296）

高通量测序技术的不断发展和应用，为挖掘重要功能基因提供了转录组分析方法，但如何利用海量测序数据准确、高效地挖掘功能基因，仍是转录组学分析方法研究的重要瓶颈。本文综述了RNA-seq数据质量控制与读段定位、基因组注释、转录本拼接、表达水平评估、差异表达分析等环节分析方法，比较了数据分析常用软件、算法和数据库等的性能和适用范围；同时，又综述了蛋白调控互作网络和加权基因共表达网络等差异表达基因的功能分析方法。转录组分析正在从只利用物种内信息挖掘差异基因，向引入其他物种参考系进行目标物种功能基因挖掘分析方向发展。结合同源基因预测候选基因法、选择信号法、极端数据法、GO注释和KEGG富集分析法及BSR-Seq（bulked segregant RNA-Seq）法等鉴定方法，使分析结果更加科学可靠。随着测序技术和数据分析方法不断进步、数据库资源不断完善，测序数据中隐含的基因表达调控和生命规律将会逐渐得到准确、深入揭示。

来源：2019年第3期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

查看畜牧兽医学报杂志2019年第3期