畜牧兽医学报

作者：沈小娟, 李晶娇, 边疆, 赵婷婷, 华修国, 崔立

单位：上海交通大学农业与生物学院上海市兽医生物技术重点实验室, 上海 200240

基金：上海市科技兴农项目[沪农科推字（2017）第1-11号]；国家重点研发计划（2017YFC1200203）

为了解上海周边地区腹泻仔猪肠道病毒组学特征，特别是冠状病毒流行情况，采用病毒宏基因组学方法对6个猪场的90份疑似病毒感染导致腹泻粪样进行检测，并通过Geneious和MEGA7.0等生物信息学软件对获得的完整的α冠状病毒属中的PEDV ORF3基因序列进行遗传进化分析。数据显示，腹泻仔猪肠道病毒群落组成主要由小RNA病毒科（Picornaviridae）（63.67%）、星状病毒科（Astroviridae）（12.68%）、杯状病毒科（Caliciviridae）（4.07%）、细小病毒科（Parvoviridae）（2.51%）等组成。在唯一一个检测出PEDV阳性的猪场中，腹泻仔猪PEDV阳性率高达43.33%（13/30）。基因序列遗传进化分析显示，在本研究获得的3个PEDV ORF3基因序列中，有1个属于G2基因型，与其他参考PEDV病毒株相似性较高（96.44%~99.70%）；另外2个ORF3基因序列属于G1基因型，相似性相对较低（95.11%~99.41%）。与PEDV传统株CV777蛋白序列比较分析发现，除piglet91株产生F2S突变以外，三株PEDV存在一致性突变，分别如下：V21A、I70M、V79I、F80V、L85I、L92F，这一特性，有可能是PEDV传统株与流行株基因型的鉴别依据。上海周边地区腹泻仔猪肠道病毒组成丰富，在不同猪群中，不同病原感染的情况有所差异，除了PEDV外，星状病毒和杯状病毒也是仔猪腹泻的主要病原。PEDV的ORF3基因与传统分离株相比具有独特的分子特征，新检测到的毒株突变位点与病毒毒力的关系有待于进一步研究。研究结果有助于了解腹泻仔猪肠道的病毒谱，并为仔猪病毒病防控提供一定的基础数据。

来源：2019年第3期

《畜牧兽医学报》期刊编辑部

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